Budynek powstał jako magazyn żywności prowiantury Twierdzy Toruń i nigdy - wbrew obecnie funkcjonującej nazwie - nie pełnił funkcji arsenału.. Powstał w 1825 r., w obrębie posesji zburzonego na początku lat 20-tych XIX w. klasztoru Dominikanów przy Kościele św. Mikołaja (także wkrótce wyburzonego - w 1834 roku, pod kolejne budynki magazynowe, obecnie już nieistniejące).
Tzw. Nowy Arsenał to piętrowy budynek z masywnymi, drewnianymi stropami, wspartymi pośrodku na murowanych arkadach i dwóch rzędach drewnianych słupów.
W okresie PRL (do połowy lat 80. XX) wieku był siedzibą magazynów "Polmozbytu", a następnie zapadła decyzja, aby obiekt dostosować na potrzeby na Archiwum Państwowe. Jednak remont podjęto dopiero w końcu lat 90 XX w. W budynku obecnie (AD 2016) mieści się centrum biurowo-usługowe "Nowy Arsenał".