Kościół, który liczy sobie siedem wieków, usytuowany jest w centrum Starego Miasta. Po raz pierwszy wzmiankowany jest w dokumentach w 1226 r.(z tego okresu pochodzą mury z prezbiterium). Początkowo była to budowla drewniana. Pod koniec XV wieku wzniesiono nową, zbudowaną z cegły świątynię, która w obrysach murów obwodowych przetrwała do dziś. Świątynia zlokalizowana została pośrodku wygrodzonej działki kościelnej, dawnego cmentarza parafialnego, wyznaczonej ulicami Plebańską, Ratuszową oraz Jagiełły. Od 1507 roku kościołowi patronuje św. Mikołaj Biskup.
W maju 1945 r. w kościele podjęto pracę duszpasterską. W listopadzie tego roku parafię przejęli duchowni ze Zgromadzenia Księży Misjonarzy, którzy administrują świątynią do dziś.

Kościół jest orientowany, trzynawowy, halowy. Budowla jest murowana z kamienia i cegły na zaprawie wapiennej. Obiekt złożony jest z prostopadłosciennego korpusu nakrytego dachem dwuspadowym oraz czworobocznej wieży po stronie zachodniej i wyodrębnionym prezbiterium po stronie wschodniej. Prostopadłościenny korpus opięty jest uskokami skarpami, ujmującymi ostrołukowe okna i nakryty został dachem dwuspadowym. Wieża jest trzykondygnacyjna, nakryta ostrosłupowym hełmem.

Na całej powierzchni dachu znajdują się nietoperze - GACEK WIELKI. Wyposażenie świątyni pochodzi niemal w całości z XIX w. Najstarszym jednak zabytkiem jest monumentalny krucyfiks z XVII w. , zawieszony w Kruchcie podwieżowej. Pozostałe elementy wyposażenia ufundowane zostały po 1864 r. są to m.in. ołtarz główny - neogotycki, 2 ołtarze boczne ambona rzeźbiona w drewnie - neogotycka z 1864 r. , monstrancje z XVIII i XIX w. i lichtarze mosiężne, kropielnice kamienne przyścienne, neogotyckie. Dzwon na wieży pochodzi z 1926r.

Obraz z Klewania

Najcenniejszym jednak darem i zabytkiem jest pochodzący z XVII w. łaskami słynący obraz Matki Boskiej Klewańskiej zwany też obrazem Matki Boskiej Wspomożenia Wiernych, który umieszczono na ołtarzu głównym w 1968 roku.

Niecodzienna jest historia przybycia tego cudownego obrazu do Skwierzyny. Obraz Najświętszej Marii Panny w Klewaniu (Wołyń) już w XVI w słynął z doznawanych przed nim cudów, a potwierdził to protokolarnie notariusz apostolski Baptista de Rubeis. Przez trzy stulecia mieszkańcy Klewania uciekali się pod opiekę cudownego obrazu, wypraszali łaski i odzyskiwali wiarę.
Od 1945 r., obraz znajduje się w Skwierzynie w Kościele p.w. Św. Mikołaja.

Synagoga zdewastowana podczas tzw."kryształowej nocy" została zamieniona na spichlerz i spłonęła w 1945 roku.