Historia
Budynek dworca zbudowany został w 1873 roku w stylu neogotyckim. Niemal równocześnie z pracami przy dworcu toczyły się prace przy budowie mostu kolejowego im. Ernesta Malinowskiego. Obecny budynek pełniący funkcję dworca został wzniesiony w 1889 roku (wcześniej w tym miejscu znajdował się tylko przystanek osobowy). 18 stycznia 1920 roku dworzec był miejscem powitania polskich wojsk wkraczających do Torunia. W 1938 roku, podczas wizyty marszałka Edwarda Śmigłego-Rydza, został przebudowany i na nowo otynkowany. Dworzec nigdy w historii nie zdołał podważyć znaczenia dworca lewobrzeżnego (dziś Toruń Główny).

28 listopada 2013 roku miasto podpisało z Budimexem umowę na budowę węzła przesiadkowego przy stacji Toruń Miasto oraz modernizację torowiska tramwajowego z pl. 18 Stycznia do al. Solidarności. W ramach tej inwestycji przeniesiono przystanek tramwajowy bliżej dworca, przystanek ten został połączony z placem przy dworcu za pomocą kładki nad ul. Traugutta wyposażonej w schody i windy, powstał nowy przystanek autobusowy na pl. Pokoju Toruńskiego, przed dworcem przygotowano miejsce do zatrzymania dla autobusów i taxówek oraz parking rowerowy. 7 października 2015 węzeł przesiadkowy został otwarty.

Modernizacja dworca
Dworzec do roku 2022, w ramach projektu "Modernizacja linii kolejowej nr 353 na docinku Toruń Główny - Toruń Wschodni wraz z infrastrukturą dworcową oraz budową nowych przystanków kolejowych w Toruniu - BiTCity II", zostanie wyremontowany.
Projekt ten zakłada m.in. remont dworców Toruń Miasto i Toruń Wschodni, mostu kolejowego oraz dobudowę drugiego toru w tunelu pod placem Pokoju Toruńskiego. W ramach tego samego zadania przewidziano także remont torowiska pomiędzy stacjami Toruń Główny - Toruń Wschodni.