Gdy kościół Św. Mikołaja chylił się ku upadkowi rozpoczęto budować nowy w roku 1590. Część materiału budowlanego wzięto ze starej świątyni. Ze średniowiecznej budowli pozostała reszta muru starej świątyni - jedyny dowód istnienia starej Łeby (ruiny murów przy PTTK nad morzem). Jednak i nowy kościół wybudowany w dzisiejszym miejscu nie istniał długo. 10 lipca 1682 roku o godz. 14.00 rozpętała się nad Łebą silna burza. Piorun uderzył w dach kościoła, który spłonął wraz z plebanią i kilkoma domami.
Obecny kościół istnieje od 1683 roku. Jest szerszy od poprzedniego o 6 i wyższy o 8 Schuh. Ta staroniemiecka jednostka długości dosłownie oznaczająca but, mierzyła 28,9 cm. W tym czasie świeckim patronem kościoła w Łebie był Nicolaus Ernst von Natzmer, spowinowacony z Weiherami przez małżeństwo, właściciel dóbr w Nowęcinie.
W dużej części z jego środków i przy osobistym zaangażowaniu odbudowano zniszczoną świątynię. Prac budowlanych podjął się budowniczy z Gdańska Barthol Ramschen, który rozpoczął roboty 29 kwietnia 1683 r. i w godnym naśladowania tempie, ukończył przed zimą tego roku, pokrywając dach holenderską dachówką. Prace wykończeniowe wnętrza trwały do 16 marca następnego roku i zakończyły się wstawieniem krzeseł i ławek. Jak zauważył kronikarz, osobno dla kobiet i osobno dla mężczyzn.
Fundatorem wyposażenia, wieży i dzwonów był von Natzmer. Dosyć niecodziennie wyglądał podział miejsc w kościele, które trzeba było sobie wykupić. Oczywiście rodzina kolatora zasiadała w stallach z boku ołtarza, a zamożni obywatele z przodu. Im bardziej do tyłu, tym status majątkowy wiernych był niższy.
Biedota miejska siłą rzeczy stała za darmo i "podpierała ściany". W ten sposób już na pierwszy rzut oka było widać, kto zajmuje jaką pozycję w hierarchii miejskiej. Nie wiadomo dlaczego ówczesnemu burmistrzowi Bunkowi nie przydzielono żadnego miejsca? Ten jednak ofiarował na kościół 10 talarów i poprosił o miejsce stojące na chórze, które za przyzwoleniem pastora otrzymał. Dwa lata później ukończono prace przy budowie kamiennej wieży i zawieszono dzwony. Ich wykonawcą był mistrz ludwisarski z Gdańska Absolon Witstock, który ze zleceniem uporał się w ciągu roku.
Pierwsze organy zagrały w miejscowym kościele w roku 1791 i zostały ufundowane przez jednego z zamożnych mieszkańców, nazwiskiem Mampe. Instrument nie mógł być pokaźnych rozmiarów, o czym świadczy niewielka szerokość ówczesnego chóru (wzdłuż prawej ściany). Urządzeniem do wytwarzania ciśnienia powietrza był miech fałdowy, poruszany ręcznie przez miechowego.
Kolejne organy zostały ufundowane przez wychowanego i dorastającego w Łebie francuskiego kupca z Bordeaux, Johanna Christopha Schönbecka (miejsce urodzenia w Łebie nie potwierdzone). Przeznaczył on na ten cel 800 talarów, jako wyraz wdzięczności dla kościoła. Zbiegło się to w czasie z przybyciem do miasta nowego pastora, Johanna Haefnera, który pełnił swoją posługę zaledwie 4 lata. Uroczystego poświęcenia instrumentu dokonano 17 listopada 1833 roku.
Skoro mowa o ,,technice sakralnej", to należy wspomnieć o mało znanym fakcie, związanym z istnieniem zegara na wieży kościelnej. Po rocznych staraniach został on zainstalowany w 1680 roku. Konstrukcja mechanizmu pozwalała na wybijanie kwadransów, połówek i pełnych godzin, słyszanych w całym mieście. Zegary domowe były wielką rzadkością, dlatego dzięki niemu można było nie tylko przyjść do kościoła we właściwym czasie, ale też orientować się co do godziny w ciągu doby.
Niestety mechanizm uległ zniszczeniu w pożarze w roku 1682. Najwyraźniej udało się go naprawić, skoro zachowała się wzmianka, że w 1750 roku miejscowy nauczyciel i zachrystian Georg Fleicher otrzymywał extra 2 talary za opiekę nad zegarem na wieży. Nie przetrwał on katastrofy budowlanej w 1761 roku, a po tym czasie nie natrafiłem na jakąkolwiek wzmiankę o nowym zegarze.
W roku 1860 przeprowadzono duży remont kościoła. Z tego okresu pochodzi przedsionek przy głównym wejściu od strony zachodniej. Wcześniej powszechnie używano wejścia przez małe drzwi boczne od strony północnej. Przy tej okazji wymieniono wszystkie ławki i zastąpiono nowymi, które służyły do lat 70. XX wieku.
Symbolem każdego kościoła są dzwony. Podobno nie ma dwóch dzwonów, które miałyby taki sam dźwięk. Od wieków wzywały one wiernych do kościoła, obwieszczały chrzty, śluby i pogrzeby oraz regulowały czas pracy i odpoczynku, jak również ostrzegały przed niebezpieczeństwem. Towarzyszyły codziennie każdemu człowiekowi od narodzin do dnia, kiedy kończył swoją wędrówkę na ziemskim padole.
Dwa stare dzwony na wieży były wysłużone i w złym stanie technicznym, dlatego postanowiono zawiesić nowe, dodając trzeci. Każdy z nich otrzymał nazwę umieszczoną na ornamentyce i rok wykonania 1860. Pierwszy z nich nazywał się ,,Christus sei dein Leben", co oznacza Chrystus twoim życiem, drugi ,,Danke Gott" - Bogu dzięki i trzeci ,,Fürchte Gott" - Bój się Boga. Zostały one zawieszone po całkowitym zakończeniu prac remontowych i wybudowaniu nowej wieży w 1862 roku.
Odnowiona świątynia otrzymała od darczyńców dwa piękne duże żyrandole, każdy na kilkanaście świec, zawieszone pod sufitem wzdłuż osi nawy. Fundatorką jednego z nich była pewna wdowa z Lęborka. Napis na żyrandolu głosił: ,,Von der Witwe Louise Schröder geb. Bressler aus Lauenburg der Kirche zu Leba Andenken geweiht am heiligen Christfest des Jahres 1860" - Od wdowy Louisy Schröder z domu Bressler, kościołowi w Łebie na pamiątkę poświęcenia w Boże Narodzenie roku 1860.
Drugi żyrandol został ufundowany, a właściwie odnowiony przez miejscowych szewców i nosił napis: ,,In der hl. Passionszeit des Jahres 1861 renoviert durch die Schuhmacherinnung in Leba, deren Vorfahren diese Lichterkrone einst dieser kirche zum Lobe Gottes geschenkt" - Odnowiony w okresie Wielkiego Postu przez cech szewców w Łebie, których przodkowie na chwałę Boga ofiarowali ten żyrandol kościołowi.
Minione wieki pozostawiły na kościele ślady zniszczenia. Gruntowny remont przeprowadzono w 1860 roku, przy czym uległy zniszczeniu pamiątki, jakie kościół posiadał. Także w tym roku zakupiono trzy nowe dzwony. Ponownie odnowiono kościół w roku 1912. Sprowadzono trzecie z kolei organy. Rok 1933 był szczególnie ważny dla tutejszego kościoła. w tym roku bowiem minęło 250 lat od chwili, kiedy w miejsce spalonego kościoła rozpoczęto budować nowy.