Budowę świątyni rozpoczęto prawdopodobnie w końcu XIII lub na początku XIV wieku. W 1321 roku klasztor wspominany był już jako Konwent Najświętszej Maryi Panny. W pierwszym etapie wybudowano mały kościół / obecne prezbiterium/, a nawa główna powstała później, w XV stuleciu. W 1420 roku wybudowany już był klasztor przy istniejącym kościele. Klasztor po przejęciu przez protestantów, od 1536 roku był użytkowany jako szpital i magazyn. Świątynię pozostawiono w rękach zakonników do czasu ich wymarcia. Świątynia stopniowo niszczała. Po wizytacji w 1666 roku stwierdzono, że kościół zwany „polskim” ma uszkodzone sklepienia i ogólnie jest w złym stanie. W dniu 21 lutego 1654 r. Kościół w 1945 r.ponownie przejęli ją katolicy, a na mocy pisma z 30 grudnia 1667 r. przekazana została ponownie Braciom Mniejszym przybyłym z Nysy. Sprawozdania z tamtego czasu podają, że kościół uznano za całkowicie zniszczony, a sklepienia uszkodzone. Pozostał tylko jeden ołtarz przedstawiający Wniebowzięcie N.M.P. Od 1671 roku franciszkanie rozpoczęli prace budowlane. Od 18 października roku 1675 świątynia nosiła nowe wezwanie Św. Piotra z Alkantary. Wtedy też dokonano ponownego poświęcenia kościoła. Wnętrze kościoła przebudowano, nadając mu kształt barokowy. Przy klasztorze wybudowane dla bydła szpitalnego obory zostały zburzone, a krużganki odbudowane. W wyniku pożaru w roku 1682 uszkodzony został klasztor i rok wcześniej założona wieżyczka na dachu prezbiterium. W 1684 r. zawalił się mur szczytowy klasztoru. W 1783 r. ponowny pożar zniszczył zabudowania mieszkalne i dachy.
W wyniku upaństwowienia majątków klasztornych w roku 1810, konwent namysłowski zamknięto. Ostatnie nabożeństwo odprawiono prawdopodobnie 2 maja 1812 r. Począwszy od tego właśnie roku świątynię zamieniono na magazyn. Wyposażenie świątyni sprzedano lub przekazano do innych kościołów. Do dziś w kościele p.w. Św. Aposotłów Piotra i Pawła w Namysłowie znajdują się ołtarze: Św. Piotra z Alkantary, Św. Antoniego, Św. Franciszka i Krzyża Świętego, oraz stacje Drogi Krzyżowej przejęte z kościoła franciszkańskiego. Do Bogacicy trafił ołtarz Czternastu Wspomożycieli.Kościół przed remontem - 1982 r.Marmurowa posadzka kościoła w roku 1812 została zerwana i w roku 1814 przekazana kościołowi ewangelickiemu.
W roku 1980 zrodziła się myśl odzyskania tej prastarej świątyni. W wyniku podjętych działań, na prośbę Parafii Św. Apostołów Piotra i Pawła w Namysłowie z dnia 18 sierpnia 1982 r., Ministerstwo Kultury i Sztuki przekazało jej 30 września tegoż roku na wieczyste użytkowanie zabytkowy kościół pofranciszkański. Od tego momentu rozpoczęły się prace remontowe.
11 listopada 1988 r., w 70 Rocznicę Odzyskania Niepodległości, przystosowany do sprawowania liturgii kościół, uroczyście poświęcił Jego Eminencja Ks. Kard. Henryk Gulbinowicz, Arcybiskup Metropolita Wrocławski.
Dnia 27 czerwca 1992 r. Ks. Kardynał erygował przy tym kościele diecezjalną Parafię p.w. Św. Franciszka z Asyżu i Św. Piotra z Alkantary. Wezwanie tych Świętych nawiązuje właśnie do franciszkańskiej przeszłości świątyni.
Dnia 29 grudnia 1992 r. nowo powstała parafia otrzymała na własność zabudowania klasztorne przylegające do kościoła, które to budynki zostały przystosowane na kancelarię parafialną, plebanię, oraz wikariat dla księży.

Architektura Kościoła

Obecna świątynia powstała w kilku etapach. W końcu XIII w. wzniesiono czteroprzęsłowe, wielokątnie zakończone prezbiterium o wymiarach 20 x 8,5 x 12 m. Do jego budowy użyto cegieł o wymiarach 28-29 x 13-13,5 x 9,5-10,5 cm. Warto zaznaczyć, że taki kształt prezbiterium jest charakterystyczny dla minoryckich świątyń wzniesionych na Śląsku. Pierwotnie oświetlało je światło wpadające przez osiem okien.
W drugim etapie dobudowano trójnawowy korpus o wymiarach 22,3 x 15,5 m ( wewnątrz ). Ściany i filary korpusu wykonano z cegieł o formacie 28-29 x 12-12,5 x 9-9,5 cm. Dostęp światła do korpusu zapewniało 10 okien. Z nieznanych powodów nie zrealizowano niestety projektu wieży. Miała się ona znajdować w miejscu obecnego wejścia bocznego. Do dziś na zewnątrz świątyni widać ślady nieukończonej wieży.
Kiedy w XVII stuleciu świątynia powróciła do prawowitych właściciel, okazało się, że znajduje się w bardzo złym stanie. Prace remontowe prowadzone w XVII i XVII stuleciu zaowocowały przekształceniem wnętrza na styl barokowy. Zamurowano częściowo okna a w korpus wprowadzono emporę. Wnętrze ozdobiono licznymi polichromiami i stiukami.
Niestety, zamienienie świątyni na magazyn spowodowało znaczne straty w wystroju. Dlatego też, pomimo licznych prac remontowych, prowadzonych od roku 1983, nie udało się przywrócić świątyni dawnego blasku. Pierwszym śladem dawnej świetności jest plafon w sklepieniu nawy południowej. Przedstawia on cztery sceny z życia św. Bonawentury. Drugą perłą jest scena ukazująca Wniebowzięcie Najświętszej Maryi Panny. To polichromie zdobi sklepienie prezbiterium.

źródło :