Uniwersytet w Białymstoku utworzony został w 1997 roku jako trzynasty uniwersytet w Polsce. Powstał w wyniku przekształcenia Filii Uniwersytetu Warszawskiego, która powołana była przez Ministra Oświaty i Szkolnictwa Wyższego prof. Henryka Jabłońskiego 15 lipca 1968 roku. Początkowo Filia działała jako Wyższa Szkoła Nauczycielska (WSN), to jest trzyletnie studium zawodowe, składające się z trzech Wydziałów: Humanistycznego, Matematyczno-Przyrodniczego i Nauczania Początkowego. 31 sierpnia 1968 roku włączono do niego również Zawodowe Studium Administracji (ZSA) jako oddział Wydziału Prawa i Administracji Uniwersytetu Warszawskiego. Ważnym momentem w historii Uczelni był rok akademicki 1972/1973, kiedy WSN z instytucji zawodowej przekształcono w uczelnię uniwersytecką z prawem nadawania tytułu magistra. Dokonano wówczas zmian strukturalnych Uczelni. Utworzono trzy Wydziały: Humanistyczny, Matematyczno-Przyrodniczy i Administracyjno-Ekonomiczny. Powołano również międzywydziałowe jednostki organizacyjne: Studium Praktycznej Nauki Języków Obcych, Studium Wojskowe, Studium Wychowania Fizycznego i Sportu, Zakład Nowych Technik Nauczania i Zakład Praktyk Pedagogicznych oraz Bibliotekę.

W 1978 roku na studiach dziennych i zaocznych kształciło się ponad 4600 studentów. W ciągu dziesięciu lat nastąpił dziewięciokrotny wzrost ich liczby. 1 października 1977 roku utworzono kolejny Wydział – Pedagogiki i Psychologii. Nastąpił również wzrost liczby pracowników naukowo-dydaktycznych.

19 czerwca 1997 roku Sejm Rzeczypospolitej uchwalił ustawę powołującą z dniem 1 października 1997 roku Uniwersytet w Białymstoku.

Ustawa stanowiła, iż siedzibą Uniwersytetu jest Białystok i że nadzór nad Uniwersytetem sprawuje Minister Edukacji Narodowej. Dokonano też zapisu, iż Uniwersytet tworzy się z Filii Uniwersytetu Warszawskiego w Białymstoku i obejmuje jej mienie oraz inne prawa majątkowe. Ustalono, iż pracownicy Uniwersytetu Warszawskiego zatrudnieni w białostockiej Filii są pracownikami Uniwersytetu w Białymstoku, a studenci Uniwersytetu Warszawskiego studiujący w Filii w Białymstoku zostają studentami Uniwersytetu w Białymstoku.

W 2007 roku po latach starań Uniwersytet otworzył, jako pierwsza polska uczelnia, zagraniczną filię na Litwie - Wydział Ekonomiczno-Informatyczny w Wilnie, kształcący w języku polskim. W 2012 roku liczba studentów przekroczyła 18 tys.