Kościół powstał na potrzeby klasztoru Zgromadzenia Sióstr Najświętszego Serca Jezusa w  Zbylitowskiej Górze. Poważnie ucierpiał podczas ostrzału artyleryjskiego w 1915 r. Od 1939 r. dom Sióstr był zamieniony na szpital, najpierw polski, później niemiecki, a kościół został zamknięty; czynna była tylko kaplica Sióstr. Po wojnie uruchomiono zakłady wychowawcze prowadzone przez Siostry, ale już w 1948 r. zlikwidowano je i utworzono najpierw Państwową Szkołę Rolniczą, a potem w Technikum Mechanizacji Rolnictwa (1959), przekształcone od kilku lat w Zespół Szkół Agrotechnicznych i Samochodowych w Tarnowie. Po zlikwidowaniu Szkoły prowadzonej przez Siostry, kościół został udostępniony wiernym na nabożeństwa w niedziele i święta, i w ten sposób stał się ośrodkiem duszpasterskim. Obecnie kościół parafii św. Stanisława Kostki w Zbylitowskiej Górze -  

http://www.swstkostka.tarnow.opoka.org.pl/index.php?co=historia

" rel="nofollow" target="_blank" class="Scolor" style="text-decoration:underline">http://www.swst...istoria

Zaprojektowany przez znanego tarnowskiego inżyniera Janusza Rypuszyńskiego obiekt zbudowany został przez jego firmę w latach 1902-10. Składa się z trzech połączonych ze sobą części: budynku frontowego w stylu modernistycznym, neoromańskiej kaplicy-oratorium oraz związanego z nią zachodniego skrzydła mieszkalnego.
Przy klasztorze zorganizowane było gimnazjum i szkoła gospodarcza dla dziewcząt.
Po II wojnie światowej siostrom pozostawiono jedynie część budynku, w której prowadzą przedszkole i internat. Resztę zajmuje Zespół Szkół Agrotechnicznych i Samochodowych (dawniej Technikum Mechanizacji Rolnictwa). Wielka kaplica od 1980 r. pełni rolę kościoła parafialnego p.w. św. Stanisława Kostki. Dzwonnicę z 3 dzwonami, stojącą po północnej stronie kościoła, zbudowano w 1994 r.