Kościół św. Ducha był trzecią z kolei świątynią Bodzentyna (po farze i kościele św. Krzyża, ufundowanym przez biskupa Radlicę), a pierwszą wzniesioną poza murami, na przedmieściu. Nie wiemy tez dokładnie w którym miejscu kościół św. Ducha zbudowano. Znany jest za to fundator - biskup Jan Rzeszowski, rok budowy - 1475 i materiał z którego go wzniesiono - drewno. Przed rokiem 1597 kościół przeniesiono na nowe miejsce, w sąsiedztwo szpitala, ufundowanego przez biskupa Dembskiego. W roku 1597 zapisano, że kościół z dobudowaną zakrystią wykonany był z drewna, konsekrowany i że w jego wnętrzu stały trzy ołtarze.
Obecny, murowany kościół zbudowano w 1. połowie XVII stulecia, na tym samym miejscu co poprzedni, czyli na wschodnich krańcach Bodzentyna. Materiałem były kamień i cegła, pokryte potem tynkiem. Jego nawa miała plan zbliżony do kwadratu, zaś prezbiterium było od niej węższe, prostokątne, od wschodu zamknięte półkoliście. Od północy przylegała do niego zakrystia; od zachodu przy nawie znajdowała się kruchta, dobudowana później, ale przed rokiem1748. Prezbiterium nakrywało sklepienie kolebkowe z lunetami, zakrystię kolebka. Otwór tęczowy jest ostrołukowy, podobnie zachodni portal i okna. Południowy portal i portal od zakrystii wykonane są z ciosu, zamknięte płasko, ozdobione kartuszami. Zewnętrzne ściany wzmocnione są szkarpami.
Kościół był zniszczony na początku XVIII wieku, odbudowany, a potem spalony w roku 1917. Ksiądz Wiśniewski, który był tu przed pożarem, napisał: "Kościół tylko w prezbiterium ma sklepienie, w nawie zaś podsiębitkę. W wielkim ołtarzu obraz przedstawia Zesłanie Ducha Świętego na Matkę Bożą i 12 Apostołów. W bocznym ołtarzu, na prawo od wejścia, stoi starożytna drewniana rzeźba Matki Bożej, pochodząca z wieży zamkowej. Lud uważa ją za cudowną." Dalej następuje opis obrazu drugiego bocznego ołtarza, będącego kopią Częstochowskiej Madonny, wykonaną w 1603 roku pędzlem Franciszka Śladeckiego z Bodzentyna oraz drewnianej rzeźby przedstawiającej św. Annę i Matkę Bożą z Dzieciątkiem. "Za stopień tego ołtarza służy płyta grobowa z 1625 r." - piszę dalej ksiądz Wiśniewski. Kościół został odbudowany i poświęcony w 2010r.

źródło: