Jest to najstarsza synagoga w Krakowie, wzniesiona na początku XV wieku. Jej budynek został przebudowany w 1570 r. pod nadzorem włoskiego architekta, Matteo Gucci. Podczas II wojny światowej synagoga była używana przez Niemców jako magazyn. Po zakończeniu wojny budynek pozostawał w stanie ruiny do 1956 r., kiedy to rozpoczęto jego odbudowę i konserwację zachowanych elementów architektury. Prace te ukończono w roku 1959, a Żydowska Gmina Wyznaniowa przekazała synagogę w użytkowanie Muzeum Historycznemu Miasta Krakowa i powstał w niej oddział Muzeum: Dzieje i Kultura Żydów.