O kościele w Cieksynie wzmiankuję się w 1423 r. Według informacji z 1449 r. uposażony był przez Falentę. Obecna, murowana świątynia wzniesiona była około 1569 r. przez warsztat Jana Baptysty, Wenecjanina, z funduszów Jakuba Bielińskiego, sufragana płockiego i jego bratanków Jana Borukowskiego z Borukowa, biskupa przemyskiego i Piotra, kanonika płockiego i opata benedyktynów w Płocku. Konsekracji świątyni dokonał w 1580 r. bp Jakub Bieliński. Równocześnie z kościołem ufundowano kaplicę św. Anny - była to fundacja Borukowskich i Lelewskich. W 1719 r. kościół był restaurowany kosztem Jana Borukowskiego. Gruntownemu remontowi poddany był w latach 1823, 1867-1879 oraz 1909-1911 według projektu architekta Stefana Szyllera. Uszkodzony w czasie II wojny światowej, restaurowany był w latach 1947-1948 oraz 1975-1976.
Ks. Tadeusz Kamiński zakupił 17-głosowe organy i wybudował plebanię; ks. Józef Janicki położył blachę ocynkowaną na części dachu kościoła oraz przeprowadził konserwację ołtarzy, ambony i chrzcielnicy. Ks. Adam Staniszewski odrestaurował ołtarz główny i zakupił dębowe ławki. Obecnie, za duszpasterzowania ks. Józefa Szczecińskiego, została wykonana pozioma izolacja kościoła. Zaczęto również wymieniać więźbę dachową.
Kościół sklepiony charakterystyczną ornamentowaną kolebką, określaną jako tzw. "grupa pułtuska". Jest to budowla gotycko-renesansowa, orientowana, murowana z cegły, z prostokątną nawą i węższym prezbiterium. Ołtarz główny jest renesansowo-manierystyczny z około 1600 r., ołtarze boczne także manierystyczne. W 1952 r. polichromię wykonał S. Domurat.