Jest rzeczą pewną że w okresie przynależności grodu w Grudziądzu do państwa polskiego i książąt mazowieckich w XI-XIII w., istniała stosowna świątynia, jednak o jej lokalizacji i wezwaniu źródła milczą. Podobnie musiało być po przejęciu grodu zniszczonego podczas najazdu pruskiego przez biskupa Chrystiana (1222) i po zajęciu jego posiadłości przez Krzyżaków w latach 30. XIII w. Skoro krzyżacka kaplica zamkowa została ukończona dopiero w 1299 r., przedtem musiało istnieć inne miejsce kultu. Zapewne jeszcze przed formalną lokacją miasta na prawie chełmińskim w 1291 r., wytyczono siatkę ulic i pod kościół parafialny przeznaczono płn.-zach. blok zabudowy przyrynkowej.

Wtedy – w dwóch fazach – przystąpiono do budowy murowanego prezbiterium, początkowo funkcjonującego jako samodzielna świątynia, o czym świadczy istnienie ozdobnego szczytu zachodniego, do dziś czytelnego na strychu. Niestety, skąpe źródła historyczne przekazują niewiele konkretnych dat dotyczących budowy. Przypuszcza się, że prezbiterium ukończono około 1310 r., natomiast dalszy etap – wznoszenie korpusu nawowego – rozpoczęto po pożarze miasta w 1341 r. Od tego czasu zwierzchnictwu fary podlegały 2 grudziądzkie świątynie szpitalne – Św. Ducha i św. Jerzego na Rybakach. Istniała też szkoła parafialna, ponadto utrzymaniu fary służyły posiadłości ziemskie. Zapewne w XV w. nawę główną podwyższono do obecnej wysokości i zasklepiono.

Od połowy XVI w. do 1598 r. i ponownie podczas potopu szwedzkiego (1656-1659) kościół był ewangelicki. W 1612 r. spłonęła wieża, którą wkrótce odbudowano, przebudowując szczyty zachodnie. W ciągu XVII w. od północy dobudowano 3 kaplice boczne (grobowe rodów Działyńskich i Kostków, bracką św. Michała) oraz – od południa – kruchtę. Od 1620 r. przy zwieńczonej kopułą ośmiobocznej kaplicy Działyńskich zostali osadzeni jezuici, którzy działali tu do wybudowania własnego kolegium i kościoła. Według niektórych autorów w 1659 r. kościół został spustoszony podczas wyzwalania Grudziądza spod okupacji szwedzkiej.

W 1738 r. wieża kościelna otrzymała wysoki ażurowy barokowy hełm, w 1769 r. zbudowano sygnaturkę na dachu korpusu. W końcu XVIII w. hełm wieży rozebrano i zburzono kaplice boczne. W 1896 r. miała miejsce gruntowna renowacja fary w duchu neogotyckim, wnętrze otrzymało nowe polichromie i witraże. Podczas działań wojennych w 1945 r. kościół poniósł ciężkie straty: runęła górna część wieży, dachy, spłonęła większa część wystroju. Odbudowa miała miejsce w latach 1946-1949. Po utworzeniu w 1992 r. diecezji toruńskiej, fara została podniesiona do rangi kolegiaty kapituły grudziądzkiej. Jest również sanktuarium maryjnym. Po 2000 r. przeprowadzono gruntowne zewnętrzne i wewnętrzne prace restauratorskie.

Do parafii należy nekropolia katolicka przy ul. Cmentarnej.

Źródło: Licencja: CC-BY-SA 3.0 Polska