Obecny kościół, pod wezwaniem św. Stanisława Kostki, parafii Świętej Trójcy w Krajkowie , został zbudowany w pierwszej połowie XVI w. a konsekrowany w 1543 r. Kościół zbudowany jest w stylu późnego gotyku, murowany, jednonawowy, na planie prostokąta z wyodrębnionym nieco węższym prezbiterium, z zakrystią od strony północnej i kaplicą Kossobudzkich od południa. W zakrystii zachowało się sklepienie kolebkowe. W kościele znajdowało się siedem ołtarzy, świątynia była bogato uposażona przez swojego fundatora.

Kościół został częściowo zniszczony podczas potopu szwedzkiego, w 1777 zaś został poważnie zniszczony wskutek pożaru. Spalił się dach oraz znaczna część wnętrza, najmniej uszkodzona została kaplica Kossobudzkich, w której odbywały się nabożeństwa w trakcie odbudowy kościoła w latach 1777-1779.

Tempo odbudowy świątyni nie szło jednak w parze z jej jakością, przez co już na początku XIX wieku niezbędny okazał się kapitalny remont. Ks. Jan Nepomucen Urbankiewicz [1810-1839] zreperował dach, odnowił ołtarze, sprawił ławki, konfesjonał, feretrony, żyrandol, 10 głosowe organy, założył cmentarz grzebalny, a w 1838 r. Józef Pisarzewski (miejscowy dziedzic) ufundował ołtarz św. Józefa. W 1896 kościół wymalowano, wymieniono podłogę oraz zakupiono nowe ornaty. W 1911 pobudowano dzwonnicę i zgromadzono materiał do budowy plebanii, którą w 1931 ukończył ks. Lucjusz Mioduszewski.

Kolejny pożar świątyni nastąpił 4 listopada 1936. Spłonęło całe wyposażenie świątyni, mury zachowały się. Do początku II wojny światowej odbudowano kościół, jednak wnętrze było w dużej mierze prowizoryczne. Z dawnych czasów zachowało się kilka zabytków: kielichy, monstrancja, relikwiarz, krzyż procesyjny i obraz MB Anielskiej. Lata powojenne upłynęły na stopniowym doposażaniu krajkowskiego kościoła po pożarze z 1936, m.in. o dzwon (1945), obraz MB Częstochowskiej (1948), ołtarz główny i ołtarze boczne (1954), organy (1971).