Siedzibą dzisiejszej parafii w Tokarach była początkowo miejscowość Wilanowo, zwana dawniej Wielanów lub Wielinów, która leży w odległości 2 km od Tokar, a pierwszy drewniany kościół pw. św. Jana Chrzciciela, św. Mikołaja Biskupa, św. Małgorzaty, św. Zofii i św. Doroty został zbudowany tutaj w roku 1527 przez Mikołaja Skirwin-Krupickiego, dziedzica Krupicz, Wilanowa i Kustyna. W 1536 roku, kiedy jego potomkowie przyjęli protestantyzm, kościół w Wilanowie został zamieniony (do 1624 r) na zbór protestancki.
Kościół wilanowski w 1728 roku został gruntownie przebudowany.
W ramach represji po Powstaniu Styczniowym w dniu 30 kwietnia 1866 roku kościół został zamknięty, a następnie rozebrany. Beneficjum przejęła Izba Dóbr Państwowych. W 1867 roku materiał budowlany przewieziono do Telatycz, gdzie na cmentarzu zbudowano cerkiew prawosławną pw. Podwyższenia Krzyża Świętego
Po odzyskaniu niepodległości na nowo w 1919 roku została erygowana rzymskokatolicka parafia - z lokalizacją kościoła w sąsiednich Tokarach. W 1922 roku parafianie przywieźli do Tokar stary, wilanowski kościół (zamieniony na cerkiew), ale zdołali zbudować z niego jedynie plebanię. W jednym z jej pomieszczeń została urządzona tymczasowa kaplica.
Obecny drewniany kościół w Tokarach w stylu narodowym został wzniesiony w latach 1934-1935, według wcześniejszego projektu krakowskiego architekta Wincentego Wdowiszewskiego.
W czasie ostatniej wojny kościół szczęśliwie ocalał, chociaż wieś Tokary została podzielona w 1945 roku granicą państwową.