Wybudowany w latach 1736-1740 według projektu i pod osobistym nadzorem lombardzkiego architekta Guido Antonio Longhi. Fundatorem budowy był biskup Marcin Załuski, który też konsekrował kościół w 1741 roku.

Po roku 1742 sklepienie nawy głównej oraz ściany prezbiterium pokryte zostały freskami autorstwa Grzegorza Łodzińskiego. W 1944 roku wycofujący się Niemcy wysadzili całkowicie wieżę zachodnią, którą odbudowano w latach 1947-1951 (ze zmianami w kształcie hełmu i okien w stosunku do stanu pierwotnego). W latach 1958-1961 konserwatorzy Władysława i Konstanty Tiuninowie przeprowadzili konserwację wnętrz świątyni. W 1971 roku od pozostawionej przez złodzieja świeczki spłonął ołtarz główny wraz z obrazem Ostatnia Wieczerza na drzwiczkach tabernakulum. W latach 1971-1973 ukończono wieżę wschodnią na wzór zachodnie.

Ostatnie badania wykazały, że kościół powstał w jednej fazie i jego projektantem był jeden architekt (dawniej przypuszczano, że budowa miała dwie fazy)[3]. Posiada jedną nawę i dwa trakty boczne. Nawy boczne są dwa razy dłuższe niż nawa główna z prezbiterium po przebudowie z 1902 roku, gdy przebito otwory do nawy głównej – poprzednio mieściły się w nawach bocznych korytarze i cele gościnne. Fasada ma cechy baroku wileńskiego w związku z zastosowaniem uskokowego zwężania się kondygnacji wież i wykroju okien bez obramień. Z barokową szkołą warszawską łączą z kolei kościół detale takie jak półwtopione kolumny w elewacjach i szeroka fasada.