Zlokalizowany w centralnej części pl. Niepodległości ratusz jest trzecim z kolei budynkiem magistratu, który wzniesiono w tym miejscu. Pierwszy powstał ok. 1806 roku. Usytuowano go w pobliżu szlaku komunikacyjnego łączącego współczesne ulice Mickiewicza i Zbąszyńską.

Drugi ratusz zbudowano w roku 1865. Gmach, który możemy oglądać współcześnie powstał w 1879 roku. Była to wówczas siedziba władz miejskich, sądu powiatowego oraz aresztu. Do końca lat 80. XX wieku ratusz był siedzibą władz miejskich. Mieściły się w nim również: sąd powiatowy, szkoła muzyczna, urząd stanu cywilnego, a także Komenda Hufca ZHP. Od roku 2003 znajduje się tutaj Sąd Rejonowy. Nowotomyski ratusz to dwukondygnacyjny, eklektyczny gmach z elementami klasycystycznymi. Budynek ma centralnie ustawione wejście ozdobione bogatym, klasycznym portalem, wspartym na dwóch kolumnach. Nad łukiem wejściowym umieszczony został herb miasta na kartuszu z obramieniem z chorągwi i militariów, z podaną datą 1879. Kartusz podtrzymywany jest przez dwie postacie kobiece w antycznych strojach, które trzymają symbole władzy i prawa – miecz i wagę. W fasadzie budynku znajduje się wmurowana 27 stycznia 1984 roku tablica, upamiętniająca ofiary więzione w tym miejscu w czasie okupacji hitlerowskiej.