Zbudowany w 1824 roku w stylu neoromańskim (jako jedyny budynek w tym stylu w Toruniu) przy współudziale jednego z najwybitniejszych architektów niemieckich, Karla Friedricha Schinkla, na miejscu i na planie wcześniejszego Ratusza Nowomiejskiego z którego zachowały się jedynie gotyckie podziemia.
Po 1667 roku, kiedy protestanci utracili Kościół św. Jakuba, Ratusz został przekształcony na zbór protestancki, zburzony ostatecznie w 1818 roku (część elementów wyposażenia znajduje się obecnie w Kościele św. Szczepana). W 1824 roku na jego planie zbudowano obecny budynek zboru ewangelickiego św. Trójcy.
Zbór został poświęcony w 1842 roku, w latach 1927-1945 służył jako kościół prawosławny. Od 1989 roku jest własnością fundacji Tumult, która po przeprowadzonej restauracji przystosowała go na własne potrzeby.

Źródło: