Świątynia została wzniesiona w 1849 r. na miejscu starszej drewnianej cerkwi. Cerkiew w Stubienku była filialną parafii w Stubnie (dekanat przemyski, po I wojnie - medycki). W 1785 roku wieś liczyła 493 mieszkańców, z tego 314 grekokatolików, 166 rzymskich katolików i 13 Żydów. W 1936 roku na 760 mieszkańców było 630 grekokatolików. Po wysiedleniu ludności ukraińskiej po II wojnie światowej cerkiew nie była użytkowana; od 1971 pełni funkcję kościoła rzymskokatolickiego. Remont budynku wykonano w 1976 roku oraz w 2006 r. Ikonostas ze Stubienka znajduje się obecnie w nowej cerkwi greckokatolickiej w Mokrem.
Źródło: