O początkach karczmy wawerskiej niewiele pewnego da się powiedzieć. Zapewne była budowlą drewnianą, tak jak i inne podobne obiekty w dobrach zastowskich. Stała samotnie, nie mając bezpośredniej styczności ani z dworem w Zastowie (odległym o ponad kilometr), ani z plebanią (przy najbliższym kościele w Zerzniu). Nastawiona była wyłącznie na obsługę podróżnych i woźniców.



Położenie przy uczęszczanych traktach i brak konkurencji w pobliżu gwarantowały z jednej strony dobry obrót, z drugiej jednak – groziły nieprzyjemnymi konsekwencjami w razie awantur i pożarów, nie wspominając niepokojów społecznych czy wojen. Karczma wawerska zapewne z tych powodów to pojawiała się na XVIII- i XIX-wiecznych mapach, to z nich znikała.

Na tzw. mapie Pertheesa z 1783 r. występuje obok innych, okolicznych przybytków tego typu, na mapie Gilly’ego zaś z 1803 r. nie ma po niej śladu. Mogła zostać spalona w czasie walk powstania kościuszkowskiego, mogła upaść po trzecim rozbiorze Polski i zamknięciu granicy między Prusami a Austrią, która przecinała wpół tereny dzisiejszej dzielnicy Wawer (wzdłuż rzeczki Świder ku Zbójnej Górze) i skutecznie zablokowała kontakty między ludnością tych okolic. Sytuacja poprawiła się najpierw po 1809 r., gdy zlikwidowana została granica z Austrią po przyłączeniu tych ziem do Księstwa Warszawskiego, później zaś po 1815 r. i utworzeniu Królestwa Kongresowego, wreszcie po ukończeniu w latach 1820-1823 modernizacji traktu brzeskiego. W tamtym czasie na terenie karczmy istniał tylko barak „z bali czterocalowych, na piwnicy, na czterech słupach, gontami pokryty, bez komina, pieca i pułapu”. Do baraku prowadziły „schody o 8 trepach, jest nowa podłoga i są dwa okna: jedno o 8 szybach, drugie bez okowu i bardzo małe”.

Spalona w bitwach czasu powstania listopadowego karczma, zwana także austerią (dawna nazwa gospody wywodząca się prawdopodobnie z włoskiego „osteria”, t.j. jadłodajnia) została odbudowana staraniem Zarządu Dóbr Wilanowskich w 1834 r. Jej dzierżawcą w latach 1834-1848 był Franciszek Kurkowski, który powiększył budynek o dodatkowe pokoje gościnne; w latach 1848-1867 dzierżawcą był Teofil Pancer, który wybudował duży dom mieszkalny, postawił kuźnię, założył destylarnię wódek i położył nowy bruk przed budynkiem. Wokół powstało małe osiedle, którego mieszkańcy żyli z obsługi podróżnych i pracy w austerii.



Powstanie styczniowe 1863 r. i jego upadek oraz związane z nim uwłaszczenie chłopów spowodowały poważny wstrząs społeczny w Wawrze. Konsekwencją działań administracji carskiej było powołanie do życia w 1866 r. gminy Wawer (jako jednej z 20 w powiecie warszawskim), obejmującej następujące osady i wsie – Wawer, Wygoda, Kawęczyn, Gocławek, Grochów, Kamionek, Saska Kępa, Gocław, Zastów, Kaczydół (dzisiejsze Międzylesie), Stara Miłosna i Żurawka. Razem z gminą powołano Sąd Gminny. Na czele gminy stał Zarząd – obie instytucje ulokowano w nieistniejącym dziś budynku wchodzącym w skład zabudowań karczmy.

Po 1867 r. dzierżawcą austerii wawerskiej była rodzina Morantowiczów. Po I wojnie światowej Konstanty Morantowicz zdołał wykupić budynek karczmy. Izby gościnne przekształcił w mieszkania czynszowe, restaurację zaś wydzierżawił Szymonowi Walczakowi. Lokal zachwalał w tamtym czasie szyld o treści „Karczma pod Napoleonem. Koniom woda – ludziom piwo i zgoda”. W okresie międzywojnia planowano przekształcić budynek karczmy w siedzibę Zarządu gminy Wawer i urządzić tu salę widowiskową oraz muzeum (powstało ono dopiero w konspiracji, w warunkach okupacyjnych w listopadzie 1943 r., prezentując pamiątki z powstania listopadowego).



We wrześniu 1944 r. historyczny budynek karczmy został zdewastowany i ograbiony; potem przez dziesiątki lat przeznaczony na mieszkania kwaterunkowe niszczał coraz bardziej, wreszcie w 1981 r. Skarb Państwa wydzierżawił go rodzinie Walczyków. Dawny budynek karczmy wraz z otaczającym terenem wpisany jest do rejestru zabytków Warszawy pod numerem 645.