W miejscu gdzie dzisiaj znajduje się kościół pod wezwaniem Świętego Ducha na przełomie XVI/XVII stała drewniana i mocno zniszczona kapliczka pod wezwaniem św. Stanisława. Akta wizytacji biskupiej z roku 1603 wspominają o jej fatalnym stanie. W związku z powyższym kapliczkę wyburzono. Fundatorką nowego kościoła została Gertruda z Bnia Opalińska, córka marszałka koronnego, małżonka Jana Firleja z Dąbrownicy podskarbiego koronnego. Akt erekcyjny został wystawiony 24 maja 1608r. w Krakowie przez biskupa krakowskiego ks. Piotra Tyleckiego. Budowa kościoła trwała w latach 1608 - 1609. Wzorcem architektonicznym dla kościoła była najprawdopodobniej fara w Kazimierzu Dolnym. Budowniczym świątyni markuszowskiej był Piotr Durie (pochodzący z miasta Glacie w okręgu weneckim). Konsekracji nowego kościoła dokonał 12 czerwca 1611 biskup kijowski ks. Krzysztof Kazimierski. Kościół Świętego Ducha był kościołem szpitalnym. Oznacza to, że znajdował się przy nim przytułek (szpital) dla 12 ubogich. Istniał fundusz zbierający datki i darowizny na utrzymanie przytułku i kościoła. Mimo ofiarności świątynia popadała w ruinę, o czym zaświadczają akta wizytacji biskupiej w latach 1644 - 1650. Kolejne wizytacje potwierdzają postępującą dewastację. Nie znaleziono środków na prace zabezpieczające, w związku z tym zawaliło się sklepienie kościoła. W następnych latach wykonywano tylko doraźne remonty.

Na początku wieku XIX zarówno kościół jaki dzwonnica domagały się już kapitalnego remontu. Niestety nie doszło do tego przedsięwzięcia, gdyż 23 września 1811r. był pożar Markuszowa, kościół i przytułek spłonęły. Dopiero kilka lat po pożarze dzięki ofiarodawcom, zwłaszcza właściciela Markuszowa hrabiego Tarnowskiego, ks. Michał Głębicki zdołał odbudować kościół wraz ze szpitalem. Kolejny pożar Markuszowa w 1892r. zniszczył bezpowrotnie przytułek i w dużym stopniu kościół. Po zgromadzeniu funduszy podjęto kolejną próbę odbudowy świątyni, dzieło to ukończono w 1896r. We wrześniu 1939r. w wyniku nalotów niemieckich bombowców uszkodzeniu uległ dach kościoła, który naprawiono w 1942r. Aktualnie wygląd kościoła w zasadniczym układzie bryły nie różni się od pierwowzoru.

źródło: www.markuszow.parafia