Nazwę Markowskiej otrzymała, tak jak wiele ulic Szmulowizny wytyczonych w tamtym okresie, od nazwy miejscowości Marki, znajdującej się na wschód od Pragi.
Została wytyczona około 1910 roku. Jednak już pod koniec XIX wieku na planach istnieje zarys ulicy przypominający usytuowaniem obecną Markowską. Był to nasyp, który stanowił pozostałość po Wałach Lubomirskiego i spełniał rolę drogi dojazdowej do Dworca Terespolskiego.
Tereny, przez które przebiegała Markowska w kierunku obecnej ulicy Białostockiej, nazywane były w połowie XIX wieku Kolonią Pasztejna. Za czasów młynarza Szmula Pasztejna obracały się tu skrzydła dwóch wiatraków. Jeden przetrwał aż do 1896 roku, choć już w 1859 roku dużą część Kolonii Pasztejna oddzielono dla bocznic i rozjazdów drogi żelaznej warszawsko-petersburskiej. Bliżej Ząbkowskiej urządzono magazyny skarbowe ("kazionnyj skład") win i napojów alkoholowych rosyjskiego monopolu państwowego. Dokonywano tu rektyfikacji surowego spirytusu, produkowano wódki gatunkowe. W późniejszych latach, po I wojnie światowej, była to wytwórnia nr 1 polskiego Państwowego Monopolu Spirytusowego.
W 1998 roku na terenie Wytwórni Wódek "Koneser" od strony ulicy Markowskiej zostało otwarte całoroczne ujęcie wody oligoceńskiej. Obecnie jest nieczynne a budynek w którym mieściło się ujęcie wody ma zostać wkrótce wyburzony.