Kościół św. Jakuba Apostoła w Szczecinie ufundowany został przez bogatego mieszczanina Beringera z Bambergu i wzniesiony poza obwarowaniami miasta, na wzgórzu, na wzór znajdującego się w Bambergu kla­sztornego kościoła Benedyktynów pw. św. Michała Archanioła. Wiadomo o tym z dokumentu, z r. 1187, który dotyczył dokonanej przez bpa Zygfryda konsekracji kościoła św. Jakuba Apostoła w Szczecinie, oraz przywilejów nadanych z tej okazji klasztorowi w Bambergu przez tegoż bpa i wdowę po Bogusławie I Anastazję, córkę Mieszka III. Benedy ktyni z Bambergu duszpasterzowali przy kościele św. Jakuba Apostoła od początku do 1525 roku, , czyli do przejęcia go przez protestantow. Siadów pierwotnego kościoła z XII w. nie odnaleziono.

W drugiej fazie rozbudowy kościoła, na przełomie XIII i XIV w., wzniesiono dwu wieżowy masyw zachodni. Prace obejmowały ponadto przystosowanie obiektu do pokrycia go sklepieniami oraz rozpoczęto budowę bazylikowego chóru czyli prezbiterium. Prace przerwane ok. roku 1320 podjęto znowu w 1375 r., zmieniając koncepcję chóru bazyliko wego na halowy, z wciągniętymi do wnętrza skarpami. Między skarpami, wokól ambitu, powstał wieniec kaplic o wysokości równej halowemu ambitowi. W latach 1380-1387 w "Libers s. Jacobi" mówi się o poświęceniu tych kaplic, a w dokumencie z 1407 r. wzmiankowany jest nowy chór.

Po 1380 r. do nawy południowej dostawiono rząd kaplic, stosując w miejsce płaskich lizen wystrój dekora cyjny, charakterystyczny dla warsztatu mistrza Henryka Brunsberga ze Szczecina, co zachowało się do dzisiaj mimo wojen i zniszczeń od południowej strony kościoła.

Ważny dla naszej historii kościoła jest rok 1456, kiedy to runęła wieża połu dniowa pod naporem huraganu, co pociągnęło za sobą zniszczenie sklepień w przęsłach zachodnich. Prace przy odbudowie wieży, prowadzone przez mistrza Jana Benecke, zakończone zostały w 1503 r. Była to generalna przebudowa masywu zachodniego. Zarzucono tradycyjny układ 2-wieżowy, wprowadzając rozwiązanie 1-wieżowe.

Przy odbudowie korpusu nawowego zmieniono układ przestrzenny na halowy, nawiązując do już istniejącego chóru halowego. Była to największa w dziejach tego kościoła przebudowa.

W 1534 r. sejmik w Trzebiatowie wprowadził jako obowiązującą w księstwie religię luterańską. W wyniku tych zmian patronat nad kościołem św. Jakuba objął książe Ba mim IX, syn Bogusława X i Anny Jagiellonki. Usunięto z duszpasterstwa benedykty nów, zabijając dwóch z nich razem z kościelnym. W 1677 r., w czasie wojny szwedzko-pruskiej, kościół wraz z wyposażeniem podczas bombardowania został poważnie uszkodzony i zniszczony przez pożar, zniszczenia te doprowadziły do likwidacji wszystkiego co było pokatolickie, między innymi 52 ołtarzy średniowiecznych. W trakcie odbudowy rozpoczętej w 1677 r. świątynia otrzymała barokowe sklepienia, a w latach 1690 1744 nowy, protestancki barokowy wystrój wnętrza: bogato rzeźbioną ambonę, prospekt organowy, 2-kondy gnacyjny ołtarz z nadstawą sięgającąsklepienia (23 metry wysokości), stalle, świeczniki doskonałej roboty oraz bogaty wystrój kaplic.

W XIX w. wykonano wiele prac remontowych wymieniając gotyckie portąle na neogotyckie. Wieża otrzymała nowy hełm wg projektu Oskara Hossfelda, po zawaleniu się wiosną 1894 roku, i wznosiła się na wysokość 119 metrów. Ostatnia wojna przyniosła olbrzymie straty. Dywanowe naloty angielskie spaliły dzielnice mieszkalne Szczecina, wśród nich 8 kościołów razem z kościołem św. Jakuba Apostoła. Zniszczeniu uległ hełm wieży i więźba dachowa. 75% sklepień, północna część korpusu nawowego i całe protestanckie wyposażenie wnętrza zostało wypa lone. Odbudowę ruiny kościoła jako katedry rozpoczęto dopiero od chwili wskrzeszcnia diecezji szczecińsko- kamieńskiej przez Papicża Pawła Vł bullą z dnia 28. VI. 1972r. Odbudowano najpierw część chórową kościoła na ingres pierwszcgo ordynariusza biskupstwa Szczccińsko-Kamieńskiego, bpa Jerzego Stroby. Poświęcenia dokonał ks. Kardynał Stefan Wyszyński 8 pażdzicmika 1972 roku.