Obiekty cukrowni powstały w 1882 r. Równocześnie wybudowano bocznicę kolejową z sąsiedniej stacji kolejowej. Fabryka była własnością niemiecką.
Jeszcze przed wybuchem I w. św. zakład rozbudowano.
W 1924 r. przedsiębiorstwo przeszło w ręce polskie i działało pod nazwą Cukrownia Zduny Towarzystwo Akcyjne a potem (od 1929 r.) Zjednoczone Cukrownie Witaszyce - Zduny Sp. z o.o.
W czasie II w. św. zakład przystosowano do produkcji syntetycznego kauczuku, produkcji jednak nie zdążono uruchomić. Po wojnie, jako przedsiębiorstwo państwowe, ponownie produkował cukier.
Od 1995 roku 51% udziałowcem fabryki była Poznańsko-Pomorska Spółka Cukrowa, która sprzedała go firmie Pfeifer & Langen KG. Zagraniczny właściciel zamknął zakład po kilku latach.
Od roku 2009 tereny wraz z obiektami stały się własnością firmy BM Kobylin Specjalizujące się w handlu importowanym węglem (prowadzono tu sortowanie i magazynowanie .
Od 2012 roku po zaprzestaniu obrotu węglem (w tym miejscu) w obiektach dawnej cukrowni przedsiębiorstwo prowadzi handel zbożem (suszenie, magazynowanie) i nawozami.