Jest to kościół barokowy, orientowany, wzniesiony w latach 1660-1680, sklepiony kolebkowo z lunetami, z zachowaną geometryczną dekoracją stiukową.
Organy i chór muzyczny ozdobione płaskorzeźbą orła wykonano wg projektu Adolfa Szyszko-Bohusza. W ołtarzu głównym pochodzącym z lat 1932-1933 projektu Bogdana Tretera znajduje się obraz św. Agnieszki z poł. XVII wieku pochodzący z pierwotnego wyposażenia kościoła.
W oknie nad ołtarzem widnieje witraż wykonany w 1936 z wizerunkiem Matki Boskiej z Dzieciątkiem w otoczeniu odznak polskich formacji wojskowych sprzed 1939.
W niszach ściennych widnieje dziesięć stiukowych posągów świętych autorstwa Carlo Celano.
Ściany kościoła pokrywają tablice wotywne między innymi tablica z nazwiskami oficerów polskich wymordowanych w Katyniu, Charkowie, Ostaszkowie i Miednoje ozdobiona wizerunkiem Matki Boskiej Katyńskiej oraz ziemią z miejsc straceń.
W początkach XX wieku budynek znajdował się w rękach prywatnych i mieścił się w nim skład złomu żelaznego. W roku 1906 Towarzystwo Miłośników Historii i Zabytków Krakowa zainicjowało akcję mającą na celu wykupienie go z rąk prywatnych.
Restauracja kościoła dokonana została przez architekta włoskiego Carlo Celano. Aby odsłonić fasadę świątyni zburzono część dawnego klasztoru. Do środka prowadzi neobarokowy portal wykonany w 1932.
W budynkach dawnego klasztoru mieści się obecnie Probostwo Garnizonu Kraków. Dawna infirmeria jest dziś nadbudowana i stanowi oficynę kamienicy przy ul. Dietla 36. Przed kościołem na niewielkim placu odsłonięto w 1990 pomnik gen. Władysława Sikorskiego autorstwa Piotra Świstaka.
23 kwietnia 1993 w sarkofagu z czarnego marmuru pochowano w kościele (po prawej stronie) sprowadzone z Wielkiej Brytanii prochy gen. Józefa Hallera.
W Niedzielę Palmową, 16 marca 2008 Biskup Polowy Wojska Polskiego gen. broni prof. dr hab. Tadeusz Płoski poświęcił w krakowskiej świątyni nowy ołtarz, ambonkę i chrzcielnicę. Niespełna 7 miesięcy później kościół zyskał nową posadzkę z czerwonego granitu i 5 nowych witraży (Aniołowie, św. Siostra Faustyna Kowalska, błogosławiony ks. kmdr. Władysław Miegoń, św. Rafał Kalinowski, Papież Jan Paweł II) autorstwa krakowskiego artysty Jacka Białoskórskiego. 14 października 2008 uroczystego poświęcenia nowych witraży dokonał kardynał Franciszek Macharski.
W okresie od maja do sierpnia 2009 kościół został odnowiony i poddany malowaniu konserwatorskiemu. W prezbiterium zostało zainstalowane nowe oświetlenie.
13 sierpnia 2010 podczas uroczystej Mszy Świętej z okazji Święta Wojska Polskiego zostały odsłonięte tablice upamiętniające gen. Bronisława Kwiatkowskiego – Dowódcę Operacyjnego Sił Zbrojnych RP i gen. broni Włodzimierza Potasińskiego – dowódcę Wojsk Specjalnych RP – tragicznie zmarłych w katastrofie prezydenckiego samolotu pod Smoleńskiem.
Źródło - wikipedia
Strona parafii