Cmentarz założony w 1811 r. jako nowy cmentarz św. Jerzego, po likwidacji (związanej z rozbudową umocnień twierdzy toruńskiej w okresie Księstwa Warszawskiego) w tymże roku starego, średniowiecznego cmentarza, zlokalizowanego nieco na wschód.
Posiada piękne starodrzewie, wiele nagrobków figuralnych i ozdobnych. Wpisany jest do rejestru zabytków.
Posiada część protestancką, katolicką, prawosławną, co wynika z historycznych części administrowanych przez parafie różnych wyznań.
Wzdłuż zachodniego skraju cmentarza ustawiono w formie lapidarium szereg - przeważnie uszkodzonych i popadających w dalszą deqastację - nagrobków ze zlikwidowanego w 1992 r. sąsiedniego XIX-wiecznego cmentarza staroluterańskiego przy ul. Matejki.
Pierwszym współgospodarzem dyrekcji cmentarnej została staromiejska gmina ewangelicka; od 1852 r. współużytkownikiem jest parafia NMP.
Nazwa cmentarza wywodzi się od XIII-wiecznego kościoła św. Jerzego, znajdującego się w okolicy, przy którym istniało leprozorium - szpital dla trędowatych i cmentarz (tzw. stary cmentarz św. Jerzego), zniszczony w czasie wojen napoleońskich, ostatecznie przy wznoszeniu fortyfikacji w czasach Księstwa Warszawskiego, w czerwcu 1811 r., zastąpiony obecnym.
W XIX w. cmentarz rozrósł się znacznie w porównaniu ze swym założeniem, tak więc dziś jego powierzchnia wynosi prawie 8 ha. Zatarł się też podział na części wyznaniowe, zniknęło wiele nagrobków sprzed 1920 r.
Nie zachowało się jednak więcej grobów z XIX w. Zlikwidowano je w większości po II wojnie światowej na skutek zajęcia dawnej protestanckiej części cmentarza przez parafie katolickie (św. Janów i NMP), nie dbające o dawną spuściznę. Pomimo swego średniowiecznego rodowodu, na skutek zniszczenia na początku XIX w. starego cmentarza św. Jerzego z pięknymi barokowymi kaplicami i grobowcami rodzinnymi, cmentarz ten nie posiada wielu starych grobów, nawet XIX-wiecznych.
Specyficzny klimat cmentarza tworzy m.in. wiele zachowanych starych metalowych ogrodzeń pól grobowych, w tym obiekty o wysokiej klasie artystycznej, m.in w stylu neogotyckim z 2. poł. XIX w., a także secesyjne z pocz. XX w. Ponadto bogata forma wielu nagrobków zdobionych figurami np. Chrystusa dżwigającego krzyż, Jezusa Miłosiernego, Jezusa Zmartwychwstałego, Marię, Pietę, anioły i in.
Mimo to cmentarz św. Jerzego należy do najstarszych zachowanych cmentarzy w Toruniu i jest miejscem spoczynku wielu zasłużonych torunian, działaczy społecznych, narodowych, naukowców z XIX i XX w.