Pierwsza wzmianka o kościele w Mierzynie pochodzi z 1261 roku, kiedy to do rady książęcej Barnima I weszli właściciele wsi Mierzyn, którzy osiedlili się na Pomorzu już w 1233 roku. Obecną budowlę wzniesiono w końcu XIII wieku. z ciosów granitowych, tworzących mury grubości 1,2 m i założono na rzucie prostokąta o wymiarach 22,7 x 9,9 m. Od strony zachodniej do nawy dostawiono wieżę, na rzucie kwadratu o boku długości 6,5 m. Kruchtę podwieżową połączono z nawą ostrołukowym wejściem. Wschodni szczyt przepruto trzema oknami i wyprofilowano w murze krzyż. Pod ramionami krzyża znajdują się cztery ostrołukowe blendy. Na ścianie północnej i południowej zachowało się po jednym oknie, w ścianie północnej znajduje się zamurowany ostrołukowy portal z ciosów granitowych.

W 1637 roku kościół spalił się, jego odbudowę zakończono w 1644 roku. W trakcie tej odbudowy wykonano na nowo górną partię wieży z ośmiobocznym hełmem latarni. W 1644 roku szczeciński ludwisarz Lorenz Kökeritz odlał nowy dzwon dla kościoła w Mierzynie. W 1764 roku pastor z Mierzyna M. Johann Samuel Hichtel zapisał w testamencie 500 talarów dla synodu w Szczecinie, na potrzeby wdów po pastorach w Mierzynie.

Z wyposażenia kościoła zachował się barokowy ołtarz z 1704 roku, wykonany m. in. przez rzeźbiarza Johanna Heinischa z Berlina. Ołtarz składa się z predelli, nastawy ołtarzowej, zwieńczenia oraz uszaków. Ołtarz posiadał w części środkowej obraz olejny na desce przedstawiający „Ukrzyżowanie”. W zwieńczeniu znajdował się obraz „Zmartwychwstanie”, a w predelli malowidło przedstawiające „Ostatnią Wieczerzę”. W tym samym czasie wykonano ambonę z wieloboczną czaszą, opartą na kolumnie. Na bokach czaszy ambony i na ściance zaplecka znajdują się obrazy w prostokątnych ramach, przedstawiające ewangelistów: Mateusza, Marka, Łukasza i Jana. Na zaplecku ambony umieszczono obraz przedstawiający Chrystusa.Kościół nie został zniszczony w trakcie działań wojennych. Po wojnie stał opuszczony, dopiero w 1948 roku został przejęty przez parafię p.w. Najświętszej Marii Panny Wspomożycielki Wiernych w Będargowie.