Według monografii ks. Jana Wiśniewskiego parafia istniała już w XI w. Pierwszy kościół miał być konsekrowany (wg tradycji) przez św. Stanisława bpa ok. roku 1070. Ten kościół wystawiony pod wezwaniem św. Katarzyny Dz.M., został zburzony ok. 1240 r. przez Tatarów. Około 1254 r. Bolesław Wstydliwy zbudował nowy kościół pod wezwaniem św. Katarzyny Dz.M. i św. Stanisława B.M., który służył do 1690 r. Obecny kościół zbudowany również z drzewa w 1690 r. kilkakrotnie szalowany mieści zabytkowe ołtarze, ambonę, chrzcielnicę, chórek i inne. Poświęcony przez bpa krakowskiego Andrzeja Załuskiego w 1751 roku. Wszystkie trzy kościoły w Kleczanowie zbudowane były z drzewa modrzewiowego. W czasie II wojny światowej kościół był częściowo uszkodzony: zabrano dzwony, ludność częściowo była wysiedlona. W latach 80-tych przeprowadzono remont kościoła. Parafia posiada akta parafialne od 1773 r.