Pomysł stworzenia diecezjalnego seminarium duchownego zrodził się niedługo po powołaniu przez papieża Jana Pawła II w 1992 roku diecezji warszawsko-praskiej. Pierwszy biskup diecezji – ks. bp Kazimierz Romaniuk – wskazał jako miejsce budowy seminarium teren dawnego kompleksu pałacowo-parkowego Mostowskich na warszawskim Tarchominie. Obok XVIII-wiecznego dworu modrzewiowego i XIX-wiecznej oficyny pałacowej w 1999 roku rozpoczęła się budowa gmachu seminarium zaprojektowanego przez inż. Leszka Klajnerta. 4 kwietnia 1999 roku, w liturgiczne wspomnienie św. Floriana, męczennika – patrona katedry warszawsko-praskiej – ks. bp Kazimierz Romaniuk poświęcił plac pod budowę seminarium.
29 września Ordynariusz diecezji warszawsko-praskiej, wraz z biskupami pomocniczymi tej diecezji oraz przedstawicielami władz samorządowych dokonał wmurowania kamienia węgielnego, pobłogosławionego przez papieża Jana Pawła II.
Dzięki wsparciu materialnemu duchownych i wiernych diecezji warszawsko-praskiej budowę budynku zakończono zgodnie z planowanym terminem. 8 grudnia 2000 roku podczas Mszy świętej celebrowanej przez Nuncjusza Apostolskiego w Polsce, ks. abpa Józefa Kowalczyka poświęcono nowo wybudowany budynek Seminarium Duchownego Diecezji Warszawsko-Praskiej. W tym dniu powstało również Towarzystwo Przyjaciół Seminarium, którego pierwszym przewodniczącym był ks. prał. Marcin Wójtowicz.
Jako patronkę uczelni wybrano Matkę Bożą Zwycięską – patronkę diecezji warszawsko-praskiej, której kult związany jest z wygraną walką pod Radzyminem w trakcie Bitwy Warszawskiej. Autorem witrażu, znajdującego się w kaplicy głównej seminarium, który przedstawia Matkę Bożą Zwycięską jest Andrzej Skalski. Od 2000 roku Seminarium Duchowne Diecezji Warszawsko-Praskiej przygotowuje kandydatów do święceń kapłańskich i posługi w kościele warszawsko-praskim. Przygotowanie zawiera elementy formacji intelektualnej, duchowej, ludzkiej. Wykłady dla alumnów odbywają się w cyklu sześcioletnim w gmachu seminarium. W budynku seminarium znajduje się biblioteka oraz aula przystosowana do zajęć sportowych oraz widowisk teatralnych.