Szkolnictwo w Kotuniu ma wieloletnią i bogata historię. Około 1910 r. założono pierwszą, choć nielegalną, polską szkołę. Na jej utrzymanie łożyli rodzice. W czasie zaborów dzieci mogły chodzić do rosyjskiej szkoły gminnej w pobliskim Żeliszewie. W 1913 r. powstała w Kotuniu jednoklasowa, trzyoddziałowa szkoła rosyjska, z wykładowym językiem rosyjskim. Uczęszczały do niej dzieci, w większości wyznania mariawickiego. Po wkroczeniu Niemców na ziemie byłego Królestwa Polskiego w roku 1915 szkoła rosyjska przestała istnieć. Wznowiono funkcjonowanie dwóch prywatnych polskich szkół w Kotuniu. We wrześniu 1916 r. obie szkoły w Kotuniu otrzymały status rządowych szkół powszechnych.
W niepodległej Polsce dzieci uczyły się w podobnie słabych warunkach, jak w latach niewoli. Zorganizowano w niej dożywianie bazujące na amerykańskich darach. W roku szkolnym 1919/1920 obie jednoklasówki zostały skomasowane na dwuklasową Szkołę Powszechną, w której naukę pobierało 125 dzieci.
Już w roku 1923 szkoła rozrosła się do sześcioklasowej szkoły powszechnej. Warunki bytowe szkoły poprawiły się po oddaniu do jej dyspozycji w 1933 r. Domu Ludowego. W tym okresie działał sklepik uczniowski oraz trzy drużyny harcerskie.
W czasie okupacji hitlerowskiej lekcje odbywały się nieregularnie, gdyż szkołę często zajmowały wojska niemieckie. W momencie utraty budynku na rzecz okupantów nauka skupiała się w domach prywatnych.
Kierownik polskiej szkoły, Ludwik Szajda (ppor. 22 pułku ułanów), był czynnym działaczem Armii Krajowej na terenie Kotunia.
Od 1 września 1945 roku personel pedagogiczny liczył 5 osób. W roku 1956 Szkoła Podstawowa w Kotuniu, jako jedna z pięciu w powiecie siedleckim, rozpoczęła elementarny system kształcenia w zakresie ośmiu klas, poczynając od klasy pierwszej.
Od 1958 r. zaczął powstawać największy i nowocześnie urządzony budynek szkoły w powiecie. 24 stycznia1960 roku nastąpiło uroczyste przekazanie kluczy do nowego, murowanego budynku szkolnego. Trzykondygnacyjny gmach posiadał kanalizację, centralne ogrzewanie, obszerną salę gimnastyczną, szatnię, stołówkę, duże i dobrze oświetlone korytarze oraz sale lekcyjne – prawdziwa szkoła tysiąclecia. W murach nowego budynku prowadziła działalność także Szkoła Zawodowa Przysposobienia Rolniczego.
W 1970 r. placówka oświatowa liczyła 14 oddziałów. W roku szkolnym 1971/72 szkoła do której uczęszczało 364 uczniów, składała się z 15 oddziałów oraz zatrudniała 15 etatów nauczycielskich oraz etatowego zastępcę kierownika szkoły.
3 września 1973 r. decyzją Kuratora Okręgu Szkolnego utworzona została Zbiorcza Szkoła Gminna w Kotuniu, która liczyła 17 oddziałów z liczbą 458 uczniów.
17 października 1987 r. odbyła się uroczystość nadania Szkole Podstawowej w Kotuniu imienia Bohdana Arcta.
W roku szkolnym 1990/91 pracowało 32 nauczycieli. Warunki lokalowe szkoły, ze względu na dużą ilość dzieci, stały się trudne. Z tego powodu dokonano nowego podziału klas, biorąc pod uwagę miejsce zamieszkania uczniów. Uczniowie mieszkający daleko uczęszczali na pierwszą zmianę, miejscowi zaś po południu. Po kilkudziesięcioletniej przerwie, zgodnie z instrukcją MEN, wprowadzono do szkół nauczanie religii.
Liczba uczniów szkoły z roku na rok stale się powiększała. Okazało się, że wybudowana w 1960 r. szkoła jest po trzydziestu latach istnienia za ciasna.
W 1992 roku rozbudowano budynek szkolny o skrzydło dla dzieci wieku wczesnoszkolnego. W 1997 r. w szkole zorganizowano pierwszą pracownię komputerową.
Od 1 września 1998 r. do 4 stycznia 2002 r. przy Szkole Podstawowej w Kotuniu działało Liceum Ogólnokształcące dla Dorosłych.
Z dniem 1 września 1999 r. weszła w życie reforma oświaty, która doprowadziła do przekształcenia obowiązującego od 1968 r. dwustopniowego systemu szkolnictwa w strukturę trzystopniową. Wprowadzono sześcioklasowe szkoły podstawowe i trzyletnie gimnazja. Organem prowadzącym szkołę został Urząd Gminy w Kotuniu. Od tego roku w budynku szkoły funkcjonować zaczęło również Publiczne Gimnazjum w Kotuniu, które liczyło trzy klasy pierwsze. Warunki lokalowe szkoły stały się bardzo trudne. W kwietniu 2002 r. uczniowie klas szóstych po raz pierwszy przystąpili do egzaminu kończącego edukację na poziomie szkoły podstawowej.
Wraz z końcem roku szkolnego 2003/2004 uczniowie Publicznego Gimnazjum w Kotuniu opuścili budynek szkoły podstawowej i przeszli do nowo wybudowanego własnego gmachu przy ul. Polnej. Z początkiem września 2004 r. ruszyła strona internetowa szkoły www.arct.kotun.pl.
Rok szkolny 2004/2005 przyniósł obowiązkową „zerówkę”. Wzorem wielu krajów europejskich, również Polska wprowadziła obowiązek edukacyjny dla sześciolatków. W czerwcu 2007 szkoła otrzymała z Europejskiego Funduszu Społecznego nowoczesną pracownię komputerową w ramach projektu MEN. W roku 2008 z wyodrębnionych kilku sal szkoły i dobudowanych pomieszczeń utworzono Publiczne Przedszkole. Jego oficjalne otwarcie nastąpiło w marcu 2009 r. Od stycznia 2009 r. szkoła podstawowa i przedszkole tworzą Zespół Oświatowy.
W 2009 r. w Szkole Podstawowej w Kotuniu przebudowano kotłownię oraz zmodernizowano blok żywieniowy. Wybudowany został także duży, kolorowy plac zabaw, z wieloma urządzeniami dla dzieci. Zmieniono otoczenie szkoły od ulicy Szkolnej, gdzie zaprojektowano zieleń. Wybudowano parking i podjęto decyzję o jednokierunkowym ruchu na tejże ulicy dla pojazdów. Rada Gminy w Kotuniu podjęła również decyzję o zakupie dwóch działek o łącznej powierzchni 0,56 ha w celu powiększenia terenu boiska szkolnego.
W roku szkolnym 2009/2010, w ramach programu „Szkół Patronackich” Szkoła Podstawowa im. B. Arcta w Kotuniu nawiązała współpracę z Gimnazjum Krzemienieckim im. J. Słowackiego na Ukrainie.
Obecnie Zespół Oświatowy w Kotuniu liczy 303 uczniów i 41 przedszkolaków, zatrudnionych jest 34 nauczycieli oraz 14 pracowników obsługi i administracji.