Pierwszy kościół farny w Morągu powstał najprawdopodobniej przed 1331. Był on znacznie mniejszy od obecnej świątyni, obejmując jedynie teren nawy głównej obecnej świątyni. W latach 40. XIV w. pierwotny obiekt został rozbudowany o prezbiterium, zakrystię oraz wieżę. W trzeciej ćwierci XIV w. powiększono również korpus budynku. W 1414 kościół przetrwał pożar Morąga jako jedyna budowla w mieście.W 1505 mistrz Matz z Gdańska, działający przez kilkanaście lat na terytorium diecezji warmińskiej, wymienił sklepienia w nawach bocznych na kryształowe. Od 1525 kościół był świątynią luterańską. 25 lat później w budynku wybudowano zespół empor, które przydzielono poszczególnym cechom i ozdobiono malowidłami oraz cytatami biblijnymi związanymi z różnymi zawodami. W 1697 po raz drugi, w czasie pożaru miasta, kościół był jedną z dwóch budowli, które przetrwały (obok zamku krzyżackiego). W XVIII w. doszło do wymiany części wyposażenia kościoła. W 1807 do obiektu dobudowano kaplicę boczną. W II poł. XIX wieku kościół został wyremontowany, wymieniono w nim sklepienie.Świątynia została poważnie zniszczona w czasie II wojny światowej, następnie odrestaurowana i przekazana parafii katolickiej. Usunięto wówczas empory i poddano konserwacji zespół średniowiecznych malowideł ściennych. Za