Budynek został wzniesiony w latach 1934-1936 na potrzeby Zespołu Szkół nr 3, w którego skład wchodziło IV Męskie Gimnazjum i Liceum im. Gen. Jakuba Jasińskiego.
Od 9 września 1939 roku września do 30 października 1939 roku w budynku działało Schronisko dla Bezdomnych XV okręgu Straży Obywatelskiej. Jego kierownikiem był Stanisław Pstrzoch - mieszkaniec kamienicy pod nr 11.
W połowie października 1939 roku po usunięciu zniszczeń (budynek był dwukrotnie bombardowany) uczniowie rozpoczęli naukę. Jednak już 15 listopada 1939 roku okupacyjne władze niemieckie zakazały działalności dydaktycznej wszelkim szkołom średnim i wyższym. Gmach szkoły został zaadaptowany przez Niemców na obóz przejściowy dla Polaków wywożonych na roboty do Niemiec. Odtąd nauka odbywała się na tajnych kompletach uczniowskich.
Formalnie od 7 lutego 1941 roku w gmachu funkcjonował utworzony przez okupanta przejściowy obóz urzędu pracy, skąd wywożono Polaków na roboty do Niemiec. W obozie na Skaryszewskiej przebywało od tysiąca na kilku tysięcy osób. W obozie panowały dramatyczne warunki: głód, choroby i przemoc strażników. Początkowo do obozu przywożono głównie dorosłych (mężczyzn powyżej 16 roku życia i kobiety powyżej 17), ale w 1944 zaczęto do Rzeszy wywozić także dzieci poniżej 14 roku życia; w obozie miały także miejsce przypadki porodów.
Raz w tygodniu kilkusetosobowe grupy zatrzymanych konwojowano pod strażą na pobliski dworzec, a stamtąd przewożono specjalnymi pociągami do miejsc docelowych na terenie Rzeszy.
Obóz przestał działać w czasie Powstania Warszawskiego. Dziś o obozie przypomina tablica pamiątkowa zawieszona po wojnie na budynku.
W roku szkolnym 1945/46 do niezniszczonej części gmachu przy ul. Skaryszewskiej powrócili uczniowie. Tym razem naukę rozpoczęli tylko chłopcy. Przywrócono szkole charakter męskiego gimnazjum. 4 listopada 1947 roku szkoła obchodziła jubileusz 25-lecia istnienia IV Miejskiego Gimnazjum i Liceum Ogólnokształcącego im. gen. Jakuba Jasińskiego i otrzymała nowy sztandar. Uczniowie złożyli ślubowanie oraz przyjęli "Deklarację ideową ucznia IV Miejskiego Liceum Ogólnokształcącego im. gen. Jakuba Jasińskiego w Warszawie" oraz "Przepisy porządkowe dla uczniów". W szkole wznowiono działalność ważnych w tradycji tej szkoły stowarzyszeń i kół zainteresowań.
W 1948 roku nastąpiła zmiana nazwy na Państwową Szkołę Ogólnokształcącą stopnia licealnego im. gen. Jakuba Jasińskiego. W maju 1950 roku odbyły się ostatnie egzaminy maturalne i szkołę represyjnie zlikwidowano.
Następnie do 1965 roku działa tutaj m.in. Szkoła Podstawowa nr 14, Odzieżowa Szkoła Zawodowa, Liceum Wychowania Przedszkolnego nr 5 i Przedszkole.
W 1965 roku budynek został przekazany na potrzeby Zasadniczej Szkoły Zawodowej Specjalnej nr 53 dla dziewcząt. W 1988 roku patronem szkoły została Anna Gotinowa. W tym samym roku została utworzona Szkoła Specjalna Przysposabiająca do Zawodu nr 2 o dwuletnim cyklu kształcenia dla potrzeb uczniów z upośledzeniem umiarkowanym i sprzężonym.
W 1994 roku na ścianie umieszczono tablicę upamiętniającą IV Miejskie Gimnazjum i Liceum Męskie im. Gen. Jakuba Jasińskiego.
5 grudnia 1996 roku na ternie szkoły zawieszono tablicę upamiętniającą 50-lecie Zasadniczej Szkoły Zawodowej Specjalnej nr 53.
W 1997 roku został utworzony przez Biuro Edukacji Zespół Szkół Specjalnych Nr 3, który w 2007 roku został przekształcony w Zespół Szkół nr 89.
W 2013 roku w trakcie święta ulicy Skaryszewskiej przed szkołą ustawiono krzyż upamiętniający wywózki Polaków na roboty. W 2015 roku na kamieniu umieszczono niewielką tabliczkę informującą o tym fakcie.
Obecnie w skład Zespołu Szkół Specjalnych nr 89 wchodzą dwie szkoły: Zasadnicza Szkoła Zawodowa Specjalna nr 53 im. Anny Gotinowej (od 1.09.2017 r. przekształcona zostanie w Branżową Szkołę I Stopnia Specjalną nr 53) dla młodzieży niepełnosprawnej intelektualnie w stopniu lekkim, kształcąca młodzież w zawodach i Szkoła Specjalna Przysposabiająca do Pracy nr 3 dla młodzieży niepełnosprawnej intelektualnie w stopniu umiarkowanym i znacznym, kształcąca w modułach.