Pierwsza wzmianka o budowie dworu w Nawojowej pochodzi z końca XVI wieku, kiedy to w latach 1580-1590 wieś Nawojowa należała do Piotra Nawojowskiego, z którego inicjatywy postawiono murowany renesansowy dwór. W roku 1595 wieś stała się własnością Grzegorza Branickiego, a już w 1601 r. władali nimi Lubomirscy. Ci na chwilę odstąpili Nawojową rodowi Sanguszków, by znów stać się jej właścicielami. W 1763 r. wieś przeszła na własność Józefa Massalskiego, a w 1799 r. została sprzedana hrabiemu Franciszkowi Stadnickiemu. To właśnie ten ród rozbudował dwór nadając mu kształt pałacu.