Synagoga zbudowana została w XVI w. Potwierdzają to dokumenty historyczne z 1584 r. Spalona podczas masakry Chmielnickiego (lata 1648 - 1649). Jan Zamoyski ostatni właściciel Szczebrzeszyna w 1659 r. zezwala na wybudowanie nowej synagogi w tym samym miejscu. Zbudowana w stylu renesansowym z pięknym fryzem arkadowym, nakryta łamanym dachem polskim. Spalona ponownie w 1939 r., odbudowana w latach 1955 - 1965 i od tej pory jest siedzibą Miejsko-Gminnego Ośrodka Kultury w Szczebrzeszynie. Społeczność żydowska związana była ze Szczebrzeszynem od wieków. Pierwsze wzmianki o zorganizowanej gminie żydowskiej pochodzą z XVI w. Żydzi Szczebrzescy zajmowali się handlem przyprawami i wonnymi korzeniami. W 1584 r. Jan Czarnkowski - właściciel Szczebrzeszyna z tych lat wyznaczył miejsce na kirkut - cmentarz żydowski.

W roku 1765 r. w Szczebrzeszynie zamieszkiwało 444 Żydów, w roku 1815 populacja żydowska liczyła 1083 osoby (31 % ludności miasta), w roku 1827 r. - 1605 (38 % ludności miasta), a w 1897 r. - 2644 (42 % ludności miasta). II wojna światowa przyniosła wielką eksterminację Żydów Szczebrzeskich, spalono synagogę i wymordowano lub wywieziono całkowicie Żydów ze Szczebrzeszyna. Ci którym udało się przeżyć założyli "Izraelskie Towarzystwo Żydów Szczebrzeskich". Towarzystwo to w dniu 6 VIII 1991 r. wmurowało tablicę pamiątkową na ścianie synagogi oraz wzniosło pomnik ofiar II wojny światowej na cmentarzu Żydowskim. Za

„Bożnica w Szczebrzeszynie, o wnętrzu podobnie zasklepionym jak w Zamościu należy do najozdobniejszych na Zamojszczyźnie. System zasklepienia wielkiej sali (11,35 x 13,48), prawie całkiem taki sam (fig. 28 i 29), jest to sklepienie klasztorne z lunetami, obejmującemi 6 okien i 6 otworów do chóru kobiecego. Ten ostatni, utartym zwyczajem, znajduje się na pietrze dobudówki zachodniej, mieszczącej na parterze przedsionek i salkę obrad. Podobne dla kobiet przeznaczone salki mieszczą się również od południa i północy. Wszystkie te dobudówki są skromne i pozbawione jakiejkolwiek dekoracji architektonicznej. Podobnie skromna jest szata zewnętrzna bożnicy (fig 30): mury rozczłonkowane pilastrami, wysoki dach mansardowy jest jedyna ozdobą zewnętrzną.  Natomiast wnętrze sali ma dekoracje stosunkowo bardzo bogatą (fig. 31). Składają się na nią geometryczne sklepiennych, o profilach podobnych jak te, których użyto w kościołach szczebrzeskich. Są to profile niezawodnie sięgające czasów budowy kolegiaty w Zamościu. Część sklepienia, a mianowicie odcinki  pomiędzy lunetami – nad ołtarzem, na osiach ścian bocznych i nad wejściem – ma dekorację bogatszą. Schodzi ona poniżej na szlak wnęk podokiennych. Te same cechy stylowe swojskiego późnego renesansu ma ołtarz kamienny, dość zresztą grubej roboty.

Znacznie subtelniej wygląda bramka przed ołtarzem. Polichromia wnętrza podkreślająca niektóre partie sklepienia, posługuje się głównie barwa niebieską. Ze sprzętów przechowywanych w Bożnicy, poza większą ilością mosiężnych pająków, interesującym jest wielki dziewięcioramienny świecznik z orłem bujającym na sprężynie (fig 32). Poza tem wielka ilość blach do dekoracji rodałów, korona srebrna i drobniejsze wyroby srebrne mniejszej wartości artystycznej. Tkanin wartościowych nie ma wcale.”

Źródło: Materjały do architektury bożnic w Polsce, A.Szyszko-Bohusz, 1926.