Kościół franciszkański jest najstarszą świątynią zakonną w Kaliszu. Ufundowany został w roku 1256, wkrótce po kanonizacji św. Stanisława biskupa (27 września 1253) w Asyżu, jako kościółek drewniany, przez księżnę Jolantę. W roku 1257 książę kaliski Bolesław Pobożny, ulegając wpływom swej małżonki, na miejscu kościoła drewnianego rozpoczął budowę kościoła murowanego, do którego w tymże roku sprowadził zakonników z Krakowa. Erekcja klasztoru kaliskiego została ogłoszona przez prowincjała, o. Daniela, na kapitule zwołanej w Inowrocławiu w roku 1257. Pierwotnym kościołem fundacji książęcej, sądząc z licznych szczegółów architektonicznych, było dzisiejsze prezbiterium o sklepieniu krzyżowym, zapewne z boczną zakrystią od północy (obecnie kaplica Męki Pańskiej). Budowa kościoła trwała kilkanaście lat, ale w roku 1283 był już zapewne całkowicie wykończony, skoro w tym roku został przez nowo kreowanego arcybiskupa Jakuba Świnkę konsekrowany pw. Św. Stanisława Biskupa i Męczennika. Kazimierz Wielki w roku 1339 otoczył świątynię i klasztor murem fortecznym oraz dokonał gruntownej przebudowy kościoła z typu bazylikowego na halowy. Z tego okresu pochodzi znajdująca się po stronie zachodniej klasztoru zakrystia ze skarbcem oraz refektarz zwany od fundatora "kazimierzowskim". Pożar w roku 1537 i następny w 1559 zniszczyły tę piastowską fundację. Powtórnej konsekracji odbudowanego obiektu dokonał 25 listopada 1632 roku biskup Jan Baltazar Leics, sufragan wrocławski, ale wyposażenie wnętrza trwało jeszcze czas dłuższy.



Pierwotną siedzibą zakonników były zabudowania drewniane. Klasztor murowany, zabudowany w czworobok, nie posiadający jednolitej całości architektonicznej, wzniesiony został w czasach późniejszych, w miarę potrzeb i zasobów materialnych konwentu. Najstarszą częścią klasztoru jest skrzydło od strony zachodniej (zakrystia, skarbiec oraz dawny refektarz z roku 1339). Budowę pozostałych skrzydeł klasztoru rozpoczęto w roku 1637, a w niecałe sto lat później, w 1730, dobudowano drugie piętro na studium filozofii dla kleryków. Od roku 1614 do 1667 znajdował się tu także nowicjat.



W okresie porozbiorowym budowla franciszkańska uległa dewastacji. W ostatnich latach przed kasatą (1864) dokonano większej restauracji prawie całkowicie zrujnowanego kościoła. Po usunięciu z Kalisza ostatnich franciszkanów (1902), kościołem opiekowali się rektorzy wyznaczeni przez władzę diecezjalną. 20.09. 1918 roku do swej starożytnej siedziby powrócili zakonnicy i rozpoczęli restaurację kościoła . Szczególne nasilenie prac przy remontowaniu kościoła miało miejsce w roku 1922 i następnie w 1934. Gruntowną restaurację wnętrza kościoła, wraz z odnowieniem wszystkich ołtarzy, przeprowadzono w latach 1964-1966.



18 listopada 1978 roku ks. Jan Zaręba, biskup włocławski, wydał dekret erygujący parafię przy kościele franciszkańskim w Kaliszu.