Dla duchowej posługi w twierdzy, rycerze zbudowali w latach 1700-1705 kościół pw. Trójcy Świętej. Fundatorem tego kościoła był ówczesny komendant generał Grzegorz Bartsch.

Pierwszy raz został zniszczony w 1769 roku podczas konfederacji barskiej. W Okopach Kazimierz Pułaski bronił się tam przed atakami wojsk rosyjskich, które po zdobyciu fortecy wymordowały wszystkich rannych konfederatów.

W 1903 roku kościół został odbudowany. W 1939 roku został zamknięty i opuszczony. W 1943 roku został spalony przez członków Ukraińskiej Armii Powstańczej. Po 1945 roku wyposażenie świątyni rozgrabiono, a budynek przeznaczono na magazyn. Po rozpadzie ZSRR nie odbudowano kościoła, ponieważ sądzono, że w Okopach nie przetrwali katolicy. W 2012 roku utworzono parafię i rozpoczęto prace przy odbudowie budynku. W latach 2013-2014 dzięki stowarzyszeniu Przyjaciół Podola oraz dofinansowaniu z Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego budynek zadaszono i otynkowano wnętrze. 25 maja 2013 roku odbył się odpust połączony z I Komunią Świętą. Odprawiono tam Mszę Świętą z udziałem mieszkańców wsi. Kościół został rekonsekrowany 15 czerwca 2014 roku. We wnętrzu zachowały się pozostałości fresków z czasu odbudowy kościoła w 1903 roku.