Most kolejowy przy Moście Gdańskim znajduje się od niego ok. 36 m na północ (czyli z biegiem Wisły) w stosunku do części drogowej. Most ten łączy dwie stacje kolejowe: Warszawa Gdańska i Warszawa ZOO. Znaczenie kolejowe Mostu Gdańskiego jest nieco inne niż Mostu średnicowego. Jest on mostem dla ruchu towarowego oraz lokalnego osobowego.
Dwutorowa przeprawa kolejowa zaprojektowana przez Aleksandra Pstrokońskiego. Początkowo miała dwa tory, każdy o czterech szynach (dwie dostosowane do prześwitu 1435 mm i dwie do 1524 mm). Most otwarto w sierpniu 1908 roku i przekierowano na niego ruch kolejowy z sąsiedniego starego Mostu przy Cytadeli (tzw. Drugiego Mostu), który został przeznaczony tylko dla ruchu drogowego. Nowy most nazywano Czwartym Mostem (za trzecim - mostem Poniatowskiego, który jednak ukończono później). Oba mosty zostały wysadzone przez wycofujących się Rosjan 5 sierpnia 1915 roku, jednak stosunkowo szybko zostały odbudowane. W czasie II WŚ oba mosty ponownie zostały wysadzone przez Niemców dnia 13 września 1944 roku. Tym razem odbudowano tylko przeprawę kolejową, co odbyło się w dwóch etapach - w marcu 1946 r. oddano do użytku pierwszy tor (drugi tor przebiegał w tym czasie przez pobliski tymczasowy most kolejowy , który wiosną 1947 r. został zniszczony przez krę lodową), a w lipcu 1947 r. uruchomiono drugi tor. Do czasu odbudowania Mostu średnicowego (w 1949 r.), dawny tzw. Czwarty mostbył jedynym mostem kolejowym w Warszawie. Sąsiednia przeprawa została reaktywowana dopiero w latach 1957-1959 r. - już jako zupełnie nowa konstrukcja, tj. Most Gdański.