Szkoła Podstawowa nr 6 w Suwałkach została powołana do życia w 1963 roku. Pierwszą siedzibą Szkoły był budynek z początku XX wieku, stojący przy ulicy Wojska Polskiego (obecnie Zespół Szkół Zawodowych). Budynek ten w okresie II wojny światowej był przejściowym łagrem. Niezbyt nadawał się na szkołę - sale były małe, korytarze ciemne, brakowało zaplecza. Niemniej jednak w takich warunkach 3 września 1963 roku zabrzmiał pierwszy dzwonek.Dwa lata później, w roku 1965, oddano do użytku nowy budynek szkolny przy ulicy Armii Czerwonej 3 (obecnie Sejneńska 12). Uroczyste otwarcie nastąpiło 13 listopada 1965 roku. Nowy gmach posiadał 24 sale lekcyjne, salę gimnastyczną i zaplecze.
Pierwszym kierownikiem szkoły był Romuald Anuszkiewicz.