Katedra tę ufundował założyciel miasta, Jan Zamoyski, a autorem jej projektu jest włoski architekt Bernardo Morando, z czym wiąże się jej nawiązanie do kościołów włoskich z XV, XVI wieku. Początkowo była to kolegiata, Zamość podlegał biskupstwu chełmskiemu, dopiero w roku 1992, kiedy utworzono Diecezję Zamojsko-Lubaczowską, podniesiono jej rangę do katedry. Po śmierci jej architekta, na początku XVII wieku, ukończono wewnętrzny wystrój tego kościoła. Konsekracji tej świątyni dokonano w roku 1637. Znaczną przebudowę przeprowadzono jedynie w okresie zaborów, w latach 1824-26, pod dowództwem gen. J. Mallet-Malletskiego, który kierował wówczas rozbudową i modernizacją zamojskiej twierdzy. W tym okresie katedra została obniżona, zmieniono m.in. elewację, przez co obecny wygląd zewnętrzny jest bardziej klasycystyczny, zniknęły napisy i herby Zamoyskich, zlikwidowano także niektóre elementy wewnątrz kościoła.

Podczas VII pielgrzymki do Polski w 1999 wizytę w katedrze złożył papież Jan Paweł II.

Katedra pełni także rolę kościoła parafialnego. W obrębie tej parafii znajduje się także inny kościół na Starym Mieście - rektoralny kościół św. Katarzyny.

Źródło: Licencja: CC