Pierwszy dworzec wzniesiono w latach 1845-1846, podczas budowy kolei warszawsko-wiedeńskiej. Miał charakter późnoklasycystyczny i kształtem przypominał lokomotywę – jego środkowa część miała piętro i kwadratową wieżę, natomiast boczne pawilony były parterowe. W 1852 zainstalowano na dworcu telegraf. Na początku XX wieku został przebudowany przez Czesława Domaniewskiego. Pierwszy pociąg elektryczny wjechał na stację w 1956. Dworzec rozebrany został pod koniec lat 70. XX wieku. Z pierwotnych zabudowań ocalały: budynek pomocniczy i dawny szalet.
Obecny dworzec powstawał etapami: pasaż z poczekalniami nad torami oddano do użytku w 1991 na VI Światowe Dni Młodzieży, pozostałą część – w 1996 (otwierał ją ówczesny prezydent RP Aleksander Kwaśniewski), w 150. rocznicę dotarcia kolei do Częstochowy. Szklane budynki i kolumnada od strony pl. Rady Europy z osobliwym zegarem słonecznym i fontanną wyglądają dość kuriozalnie pośród szarej zabudowy al. Wolności. Dworcowi trudno jednak odmówić funkcjonalności, szczególnie w kontekście obsługi pielgrzymek (jest tu nawet kaplica, w której o 15.00 odprawia się mszę).
Z lewej strony, obok czwartego peronu, stoi parowóz upamiętniający 150-lecie dworca w Częstochowie. Peron drugi ma 565 m długości i uchodzi z najdłuższy w Polsce.