Parafia w Wójcinie została ustanowiona na przełomie XIII i XIV wieku. Obecny kościół św. Jana Chrzciciela jest czwartym z kolei w tej parafii. Został zbudowany w 1916 roku w stylu neobarokowym. Obiekt konsekrowany w roku 1924.
Wewnątrz zachowało się częściowo wyposażenie z wcześniejszego kościoła drewnianego (z 1734 r.). Krzyż znajdujący się w ołtarzu głównym i dwa ołtarze boczne pochodzą z XVIII wieku. W ścianę kościoła wmurowano tablicę z 1883 roku poświęconą dwusetnej rocznicy zwycięstwa Jana III Sobieskiego pod Wiedniem.