W 1674 roku rozpoczęto kopanie fundamentów pod obecny kościół św. Franciszka Ksawerego, a w 1675 roku biskup wileński Mikołaj Słupski poświęcił kamień węgielny. W 1691 roku przykryto dachem prezbiterium. 26 grudnia 1699 powracający do Saksonii król August II Mocny zatrzymał się w Grodnie i zwiedzał kościół i kolegium jezuickie.

W listopadzie 1705 król był jeszcze raz w Grodnie uczestnicząc w tzw. radzie grodzieńskiej. Razem z carem Piotrem I wziął udział w poświęceniu kościoła jezuickiego przez biskupa chełmińskiego Teodora Potockiego (obecny kształt świątynia uzyskała w latach 1678-1705). Trwająca wojna ze Szwecją nie przeszkodziła jezuitom w wyposażeniu kościoła. W 1707 rzeźbiarz z Królewca Christoph Pöcher wykonał projekt ołtarza głównego i ołtarzy bocznych. Sześć z nich wykonano w Wilnie i Królewcu i przywieziono do Grodna w latach 1709 і 1715. W 1716 dostarczono dalsze cztery. W 1708 z dachów zdjęto nietrwałe dachówki i położono blachę pomalowaną na czerwono. W 1729 roku w kościele rozpoczęto obrady sejmu.

W latach 1736-1737 Jan Szmitt z Reszla zbudował i ustawił w kościele ołtarz główny, który sfinansował kasztelan mścisławski Samuel Łazowy z małżonką Konstancją. W latach 1750–1752 nadbudowano wieże o jedno piętro i ozdobiono na nowo wnętrze; zbudowano ambonę i wykonano 14 fresków przedstawiających sceny z życia patrona kościoła, św. Franciszka Ksawerego. W 1761 gdański złotnik Chrystian van Hausen wykonał srebrne ramy dla obrazu Matki Boskiej Studenckiej. W 1765 ukończona została kopuła na skrzyżowaniu naw i prawdopodobnie hełmy wież. W 1768 w niszach fasady ustawiono figury św. Franciszka Ksawerego, św. Piotra i św. Pawła, które wykonał Georgius Gis.

W listopadzie 1774 jezuitom ogłoszono brewe kasacyjne. W 1782 ich kościół stał się kościołem farnym. Kościół i zabudowania klasztorne przejęła Komisja Edukacji Narodowej. W 1782 przeniesiono do kościoła św. Franciszka Ksawerego odprawianie nabożeństw parafialnych z fary Witoldowej, uszkodzonej w wyniku pożaru; od tej kościół św. Franciszka Ksawerego stał się kościołem farnym.

W latach 1960–1988 kapłani nie mogli odprawiać mszy w kościele. Pomimo to w każdą niedzielę i w święta wierni gromadzili się wokół ołtarza, zapalali świece, modlili się, śpiewali pieśni religijne i urządzali procesje.

W 1988 na skutek starań ks. Tadeusza Kondrusiewicza zostało wznowione normalne życie parafialne.

źródło: