Późnoromański kościół ufundował około 1200 r. biskup Pełka. W 1244 r. biskup krakowski Prandota osadził przy nim zakonników Świętego Ducha.
Obecny gotycki kościół wraz z wieżą wzniesiono w XIV i 1 połowie XV w. Otoczony był cmentarzem i łączył się z wyburzonymi w końcu XIX w. budynkami klasztornymi i szpitalnymi oraz kościołem św. Ducha.
Świątynię i zespół szpitalno-klasztorny zniszczył pożar w 1528 r. Wkrótce budynki odnowiono, a kościół ozdobiono bogatą renesansową polichromią, zachowaną w znacznej części do czasów obecnych.
Od południa przylega do nawy XV-wieczna kaplica św. Zofii, w której umieszczono gotycką chrzcielnicę z 1423 r. - bogato dekorowany wyrób ludwisarski z czasów gotyku w Krakowie.
Przy wieży, od północy, wzniesiono w końcu XVI w. kaplicę św. Andrzeja, a od południa, w 1 połowie XVII w., Matki Boskiej Loretańskiej, w której znajduje się cudowna figura Chrystusa Frasobliwego.
Gruntowną restaurację budowli przeprowadzili w latach 1896-1898 architekci Tadeusz Stryjeński i Zygmunt Hendel, przy współpracy Stanisława Wyspiańskiego. W świątyni wyjątkowo piękne sklepienia, oraz cenne zabytki - skrzydła gotyckiego tryptyku (1517), krucyfiks w tęczy (1520), późnogotyckie stalle, ambona oraz gotyckie malowidło z 1 połowy XV w. - Matka Boża z Dzieciątkiem. -
strona www -
Wikipedia -