Początki szkoły datuje się na 1907, kiedy to kurator Warszawskiego Okręgu Naukowego pozwolił Walentynie Mojkowskiej na założenie 7-klasowej pensji dla dziewcząt z programem żeńskich gimnazjów. Siedziba szkoły znajdowała się wtedy w budynku położonym przy ulicy Modrzejowskiej 22. Kierownictwo szkoły objęła Józefa Siwik z Warszawy. Nauka przedmiotów odbywała się w języku polskim, za wyjątkiem zajęć z języka rosyjskiego, historii i geografii Rosji. W roku szkolnym 1907/1908 do placówki uczęszczało 139 uczennic.

W 1910 szkołę przejęła Józefa Siwikowa i nazwała ją prywatną szkołą handlową, wtedy również naukę przeniesiono do nowego budynku przy ulicy Fabrycznej 7 (obecnie Małachowskiego5).

W roku szkolnym 1917/1918 szkołę uspołeczniono. Stała się wówczas ośmioklasowym Gimnazjum Polskiej Macierzy Szkolnej. Jesienią 1918, drużyna harcerska działająca w szkole obiera imię Emilii Plater, które 3 lata później przejmie również szkoła. W 1934 po odejściu J. Siwikowej dyrekcję placówki obejmuje Janina Strączyńska.

1 października 1934, szkołę przeniesiono do budynku przy ul. Parkowej 1, gdzie ma siedzibę do dziś. W roku szkolnym 1956/1957 zgodnie z nowymi trendami pedagogicznymi szkoła przekształcona została w placówkę koedukacyjną.

Pod koniec lat 30. szkoła funkcjonowała pod adresem  Wawel 1.