Port morski w Trzebieży podzielony jest na dwie części. Basen handlowy z basenami (Nabrzeża nr 1, 2 i 3) dla łodzi rybackich, po stronie południowej oraz dwuczęściowy Basen Północny (żeglarski), przedzielony pirsem.
Pomiędzy Basenem Północnym a Południowym znajduje się nabrzeże dla statków pasażerskich oraz nabrzeże tranzytowe, również dla odpraw granicznych.
Basen Północny użytkowany jest przez Centralny Ośrodek Żeglarski (szkoła żeglarstwa morskiego) a w Basenie Południowym ma siedzibę placówka SAR, ze statkiem ratowniczym.
Port, od strony północno-wschodniej osłania wyspa falochronowa (ok. 600m długości 150m szerokości) powstała w wyniku refulacji dna zatoki.