Jest to pierwszy kościół zbudowany w robotniczej dzielnicy miasta Krakowa – Nowej Hucie. Powstał z inicjatywy ks. Józefa Gorzelanego w latach 1967-1977 wg projektu architekta mgr. inż. Wojciecha Pietrzyka. Dach budowli upodabnia kościół nie tylko do arki, ale i do kaplicy w Ronchamp, projektu Le Corbusiera.
Historia powstania kościoła związana jest z obroną krzyża przez mieszkańców Nowej Huty w 1960 roku w miejscu gdzie pierwotnie miał stanąć kościół. Władze komunistyczne zezwoliły na budowę świątyni, jednak już w innym miejscu. 18 maja 1969 roku arcybiskup Krakowa, kardynał Karol Wojtyła, wmurował kamień węgielny pochodzący z Bazyliki św. Piotra na Watykanie i poświęcony przez papieża Pawła VI.
15 maja 1977 roku kardynał Karol Wojtyła dokonał konsekracji kościoła, nadając mu wezwanie Matki Bożej Królowej Polski.