Budowa pierwszego kościoła parafialnego (do połowy XV w. pw. św. Mikołaja) miała miejsce zapewne w drugiej połowie XIII w. Gotycką świątynię wzniesiono pod koniec XIV lub na początku XV w., być może po pożarze, jaki miał miejsce w 1419 r. Początkowo zielonogórską farą opiekowali się książęta głogowsko-żagańscy. W 1427 r. miało miejsce przejęcie patronatu od księcia Henryka IX przez konwent augustiański w Żaganiu. Od tego czasu aż do 1544 r. proboszczami byli zakonnicy. Przejściowo, w latach 1544-1651 świątynia znajdowała się w rękach protestantów. W niedługim czasie po wzniesieniu kościoła dostawiono wieżę i od południa kruchtę. Pod koniec XV lub na początku XVI w. budowlę powiększono o jednopiętrową przybudówkę, którą dostawiono do południowej ściany prezbiterium. W dobudówce urządzono kaplicę z emporą. Na parterze znajdowała się kaplica Oliwna, a na piętrze tzw. chór polski. W obydwu kaplicach zachowały się sklepienia gwiaździste. Podczas pożaru, który wybuchł w 1582 r., świątynia została zniszczona. Odbudowano ją w tym samym kształcie, jedynie od zachodu dostawiono kruchtę. Po kolejnym pożarze (1651), przebudowa kościoła trwała ćwierć wieku. Wówczas zamurowano okna gotyckie i wykuto mniejsze, półkoliste. W drugiej połowie XVIII w. miała miejsce katastrofa, bowiem w 1776 r. runęła wieża, niszcząc dużą część prezbiterium i nawy północnej wraz z przęsłami sklepień. W trakcie czteroletniej odbudowy podwyższono mury obwodowe prezbiterium, wnętrze kościoła przykryto nowymi sklepieniami, nawę oraz prezbiterium nakryto wspólnym dachem. Ponadto dokonano zmian w elewacjach oraz odbudowano wieżę, z tym że jej wysokość ograniczono do połowy wysokości tej starszej. W 1832 r. wieżę podwyższono i nadano jej formę klasycystyczną. Kościół pw. św. Jadwigi Śląskiej w takim kształcie przetrwał do czasów obecnych.