Apteka została założona w 1687 i początkowo znajdowała się w budynku kolegium jezuickiego – służyła bowiem mnichom oraz uczniom i wykładowcom grodzieńskiej szkoły. W 1709 wybudowano parter murowanego budynku apteki przy Rynku (późniejszy pl. Batorego), a w 1763 roku zbudowano piętro. Po likwidacji zakonu jezuitów w XVIII wieku apteka przeszła pod zwierzchnictwo Komisji Edukacji Narodowej, a po utworzeniu w Grodnie Akademii Medycznej w 1775 stała się placówką zarządzaną przez grodzieńską uczelnię. Pracował w niej wówczas francuski uczony, botanik i wykładowca Akademii Jan Emanuel Gilibert, który w budynku apteki prowadził zajęcia.

Po III rozbiorze Polski i włączeniu Grodna do Rosji apteka została sprzedana prywatnym właścicielom, m.in. Janowi Adamowiczowi, który wyposażył ją w laboratorium chemiczne. Apteka pod jego kierownictwem uczestniczyła w badaniach właściwości leczniczych roślin oraz wody mineralnej w pobliskich Druskienikach. Od 1881 apteka należała do lokalnej parafii luterańskiej. W 1903 roku powstał projekt przebudowy apteki w stylu eklektycznym, który zrealizowano w latach 1905-1907. W 1906 kupił aptekę pochodzący z Kielecczyzny farmaceuta Edward Stępniewski, późniejszy prezydent Grodna. On też przebudował barokowy budynek w stylu eklektycznym wg projektu arch. Sroki. W rękach Stępniewskiego apteka pozostała do wybuchu II wojny światowej w 1939 roku.

Po włączeniu miasta w skład ZSRR w 1939 placówkę upaństwowiono – działała wówczas pod nazwą "Państwowa apteka nr 3 w Grodnie". W czasie okupacji niemieckiej (1941–1944) znaczna część pracowników apteki została zamordowana przez Niemców jako "nieczysta rasowo", z kolei syna właściciela Zbigniewa Stępniewskiego NKWD rozstrzelało już w 1940 w Piatichatkach.

Po powrocie Grodna do ZSRR apteka została ograbiona z kosztownych i zabytkowych mebli oraz urządzeń, a sam budynek przekształcono w magazyn aptekarski, a później salon meblowy i dom nauczyciela.

Prace nad powołaniem Muzeum Farmacji rozpoczęły się po międzynarodowej konferencji z 1987 (w 300–rocznicę utworzenia apteki). W niepodległej Białorusi budynek przekazano w dzierżawę spółce "Biotest" pod warunkiem przekształcenia budynku w Muzeum. W jego zbiorach znajdują się dokumenty i zdjęcia świadczące o przeszłości apteki, kolekcje naczyń i sprzętu aptekarskiego oraz leki z ubiegłych stuleci.

Budynek apteki został przebudowany w 1763 i bardzo znacznie na początku XX wieku. Wskutek zmian, całkowitemu zatarciu uległy jej barokowe cechy i obecnie nie wyróżnia się spośród otaczającej ją zabudowy. Budynek apteki przylega do kościoła oraz klasztoru jezuitów.