Pierwotny kościół franciszkański (dzisiejsze prezbiterium i zakrystia) został zbudowany w latach 1400-1402. Wzniesiono go w stylu gotyckim i nadano mu wezwanie Najświętszej Maryi Panny. W ciągu XV wieku dobudowano trzy nawy i kaplicę Przemienienia Pańskiego. Pomimo pożarów i dokonanych remontów kościół zachował styl gotycki, za wyjątkiem sklepienia w prezbiterium, które po pożarze 1872 roku odbudowano w sposób uproszczony. Powstała legenda o tunelu łączącym zamek odrzykoński z kościołem franciszkańskim, ale nie posiada historycznego uzasadnienia. Po rozbiorach Polski władze austriackie ograbiły kościół i razem z kaplicą Oświęcimów zamieniły na magazyn zboża. Kościół i klasztor został uratowany od zagłady na skutek starań franciszkanów, władz kościelnych i miejskich Krosna.