Nieistniejący kościół jezuicki, przejęty przez pijarów, następnie przekazany ewangelikom. Budowany w latach 1621-1732, zniszczony w 1944 przez wycofujących się z miasta Niemców.
Kościół św. Stanisława Kostki położony był w północnej części skarpy, w obrębie posiadłości jezuitów, które znajdowały się poza ówczesnym miastem.
Budowę dużego, murowanego kościoła w stylu barokowym rozpoczęli jezuici w 1621 roku od położenia kamienia węgielnego. Budowla powstawała na miejscu poprzedniego, drewnianego kościółka, zniszczonego przez pożar. Przez trzy lata wyciągnięto mury dwa łokcie ponad ziemię, gdy w 1624 roku nadeszła epidemia, która pochłonęła dwunastu jezuitów poświęcających się pielęgnowaniu chorych i spowodowała wielkie spustoszenie w całym społeczeństwie. Prace budowlane musiano przerwać. Później brakowało pieniędzy na dokończenie robót. Niezabezpieczone fundamenty niszczały. Budowlę sfinalizowano dopiero kosztem Szembeków w 1732 roku.
Świątynia składała się z trzech obszernych naw wspartych na filarach. Kościół posiadał dwie wysokie wieże, na jednej z nich zegar. Był to wówczas jedyny zegar miejski w Łomży. Opis wnętrza kościoła zaprezentował konserwator na łamach „Gazety Łomżyńskiej” z 1921 r. Wnętrze było „bazylikowe, krótsze ramiona krzyża – to dwie wysokopienne kaplice; w prawej tarcza z herbem fundatora. Szeroka nawa środkowa, potężnymi pilastrami spięta z dwoma półwęższymi, bocznymi, główny swój akcent poprzez (dziś zamurowane) lodżie nad nawami bocznymi przenosi na murowany ołtarz główny w stylu Ludwika XVI. Ołtarz ten wraz z dwiema rzeźbami świętych – arcydzieło pomysłów tego rodzaju”.
W 1774 roku kościół przejęli pijarzy. W 1850 r. uznano, że kościół popijarski popadł w taką ruinę, iż przebywanie w nim groziło niebezpieczeństwem. Ewangelicy łomżyńscy potrzebowali świątyni i znaleźli ją w dawnym popijarskim kościele, który decyzją Rady Administracyjnej Królestwa Polskiego w 1853 został im przekazany i po remoncie sponsorowanym m.in. przez Konsystorz Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w Warszawie i cesarzową Aleksandrę Fiodorowną oddany do użytkowania dnia 21 października 1855.
W kolejnych latach ewangelicy wybudowali przy kościele wozownię (na karawan i sprzęty pogrzebowe) oraz zakupili dwa domy i place na dom dla pastora i szkołę parafialną. Nieco później przebudowano świątynię . Około 1880 roku zarządzono zdjęcie wież, według jednej wersji dlatego, że górowały nad nowo wybudowaną w 1877 roku cerkwią na dzisiejszym pl. Jana Pawła II. Według innej wersji, były po prostu zniszczone i groziły zawaleniem.
Niemieckie władze okupacyjne urządziły w kościele magazyn i skład zboża. Ponadto, chcąc uzyskać większą pojemność wyrównawczego zbiornika wody znajdującego się na wieży Ratusza, nakazały do tego celu adoptować wieże kościoła. W dwóch wieżach nadbudowano po jednej kondygnacji i zainstalowano dwa zbiorniki stalowe o pojemności 150 m³ wody. Do eksploatacji w 1944 roku włączono tylko jeden zbiornik znajdujący się na wieży od strony ulicy Zjazd.
W 1944 roku świątynia została zburzona przez wycofujących się z miasta Niemców, którzy urządzili w niej skład zboża. Po kościele pozostały tylko ruiny i fundamenty.
W pierwotnym drewnianym kościele został pochowany tymczasowo jeden z głównych fundatorów, Adam Kossobudzki, starosta łomżyński i wojewoda mazowiecki, który zmarł nagle 25 lipca 1629 r. Pogrzeb odbył się dopiero 9 stycznia 1630 roku. Być może w podziemiach kościoła pochowani byli i inni fundatorzy kościoła św. Stanisława Kostki.