Grajewo to stacja pośrednia, położona na 83. kilometrze linii, obsługująca m.in. bocznicę Pfleiderer Grajewo oraz tory ładunkowe nr 8 i 12, położone przy rampie ładunkowej. Stacja posiada 5 torów głównych, z których 3 znajdują się przy peronach - dwukrawędziowym wyspowym, zlokalizowanym pomiędzy torami nr 1 i 3 oraz jednokrawędziowym, pomiędzy torem 2 a budynkiem dworca. Rozbudowany układ torowy stacji, a także wyspowe położenie dworca ma swoją genezę w tym, iż stacja Grajewo pełniła przez szereg lat funkcje granicznej, stąd rozbudowany budynek dworcowy. Obecnie wjazd na tory ładunkowe możliwy jest jedynie od strony Osowca, gdyż rozjazdy od strony Prostek rozebrano. Ruch pociągów na stacji prowadzony jest przez nastawnię "Gr", posiadającą urządzenia komputerowe z sygnalizacją świetlną. Nastawnia obsługuje również rogatki na przejeździe kolejowym w ciągu ul. Piłsudskiego, stanowiącej element drogi krajowej nr 61. Dojazd do dworca możliwy jest tylko od strony południowej i wymaga pokonania niestrzeżonego przejazdu przez tory nr 8 i 12. Dojście do peronów możliwe jest poprzez kładkę dla pieszych, łączącą dworzec z ulicą Popiełuszki.