Klasztor ufundowała w 1280 św. Kinga - księżna krakowsko-sandomierska, wdowa po Bolesławie V Wstydliwym oraz właścicielka ziemi sądeckiej. 6 lipca 1280 zrzekła się ona na rzecz klasztoru swoich sądeckich posiadłości: miasta Stary Sącz i 28 wsi i sama została klaryską. Umarła 24 lipca 1292 roku, w klasztorze znajduje się jej grób. Ufundowany przez wspomnianą świętą klasztor, został usytuowany obok układu miejskiego, nad stromym wypiętrzeniem doliny Popradu. Początkowo siedziba sióstr Klarysek, w większej części pobudowana była z drewna, częścią murowaną były tylko dwa frontały i fundamenty.

Zespół klasztorny przebudowany został przez włoskiego muratora Jana de Simoni na początku XVII wieku, nadając tym samym klasztorowi wygląd typowo barokowy. Dzięki temu, klasztor nabył nowego charakteru budowli sakralnej poprzez wplecenie w jego wygląd form manierystyczno-barokowych z dekoracją sgraffitową. Klasztor wzniesiony został na miejscu dawnej, luźnej zabudowy w układzie czworobocznym z wirydarzem usytuowanym w jego środku, mający surowy i ściśle funkcjonalny charakter.